Target Identification of Bioactive Natural Products

doi:10.6023/A17110484

Acta Chim. Sinica ›› 2018, Vol. 76 ›› Issue (3): 177-189.DOI: 10.6023/A17110484 Previous Articles Next Articles

Review

活性天然产物靶标蛋白的鉴定

周怡青^a, 肖友利^a,b

a 中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所/分子植物科学卓越创新中心中国科学院合成生物学重点实验室上海 200032;
b 中国科学院大学北京 100039

投稿日期:2017-11-06 发布日期:2017-12-25
通讯作者: 肖友利 E-mail:ylxiao@sibs.ac.cn
作者简介:周怡青副研究员本科毕业于浙江大学生物工程系,2011年在香港大学获得博士学位,研究方向为有机化学,导师为杨丹教授.此后他在北京大学潘峥婴研究员实验室进行博士后研究,研究方向为药物化学和化学生物学;肖友利研究员2000年本科毕业于山东大学化学系,2005年在中国科学院上海有机化学研究所获得博士学位,研究方向为金属有机化学,导师为丁奎岭院士.2012年底于中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所开始独立研究工作,课题组主要利用化学生物学方法结合多组学的策略解析活性天然产物的生物合成途径和作用靶标.
基金资助:
项目受国家自然科学基金（Nos.21572243，21502206）和中国科学院先导B培育项目（No.XDPB0402）资助.

Target Identification of Bioactive Natural Products

Zhou Yiqing^a, Xiao Youli^a,b

a CAS Key Laboratory of Synthetic Biology, CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032;
b University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039

Received:2017-11-06 Published:2017-12-25
Contact: 10.6023/A17110484 E-mail:ylxiao@sibs.ac.cn
Supported by:
Project supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 21572243, 21502206) and Chinese Academy of Sciences (No. XDPB0402).

Natural products are rich sources of drugs for the treatment of human diseases, while identification of the protein targets and mode of actions is one of the most significant and challenging steps in drug discovery across bioactive natural products. This review describes recent progresses in the methodology of target identification of natural products, highlights examples of target identification utilizing chemical proteomics and biophysical strategies, and discusses the advantages, limitations, applications, and challenges of each strategy.

Key words: natural products, target identification, chemical proteomics, biophysics, phenotype screening

Cite this article

Zhou Yiqing, Xiao Youli. Target Identification of Bioactive Natural Products[J]. Acta Chim. Sinica, 2018, 76(3): 177-189.

Export EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

share this article

References

[1] Koehn, F. E.; Carter, G. T. Nat. Rev. Drug Discov. 2005, 4, 206.
[2] Calson, E. E. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 639.
[3] Gao, Y.; Hu, J.; Ju, Y. Acta Chim. Sinica 2016, 74, 312(in Chinese). (高玉霞, 胡君, 巨勇, 化学学报, 2016, 74, 312.)
[4] Rodrigues, T.; Reker, D.; Schneider, P.; Schneider, G. Nat. Chem. 2016, 8, 531.
[5] Xu, Y.; Cheng, J. Chinese Sci. Bull. 2017, 62, 908(in Chinese). (徐悦, 程杰飞, 科学通报, 2017, 62, 908.)
[6] Schenone, M.; Dancik, V.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 232.
[7] Titov, D. V.; Liu, J. O. Bioorgan. Med. Chem. 2012, 20, 1902.
[8] Rix, U.; Superti-Furga, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616.
[9] Geoghegan, K. F.; Johnson, D. S. Annu. Rep. Med. Chem. 2010, 45, 345.
[10] Kawatani, M.; Osada, H. MedChemComm 2014, 5, 277.
[11] Wang, C.; Chen, N. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 657(in Chinese). (王初, 陈南, 化学学报, 2015, 73, 657.)
[12] Harding, M. W.; Galat, A.; Uehling, D. E.; Schreiber, S. L. Nature 1989, 341, 758.
[13] Taunton, J.; Hassig, C. A.; Schreiber, S. L. Science 1996, 272, 408.
[14] Sin, N.; Meng, L.; Wang, M. Q.; Wen, J. J.; Bornmann, W. G.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 6099.
[15] Griffith, E. C.; Su, Z.; Turk, B. E.; Chen, S.; Chang, Y. H.; Wu, Z.; Biemann, K.; Liu, J. O. Chem. Biol. 1997, 4, 461.
[16] Griffith, E. C.; Su, Z.; Niwayama, S.; Ramsay, C. A.; Chang, Y.; Liu, J. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 15183.
[17] Kudo, N.; Matsumori, N.; Taoka, H.; Fujiwara, D.; Scheriner, E. P.; Wolff, B.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9112.
[18] Low, W. K.; Dang, Y.; Schneider-Poetsch, T.; Shi, Z.; Choi, N. S.; Rzasa, R. M.; Shea, H. A.; Li, S.; Park, K.; Ma, G.; Romo, D.; Liu, J. O. Method. Enzymol. 2007, 431, 303.
[19] Yamaoka, M.; Sato, K.; Kobayashi, M.; Nishio, N.; Ohkubo, M.; Fujii, T.; Nakajima, H. J. Antibiot. 2005, 58, 654.
[20] Bargagna-Mohan, P.; Hamza, A.; Kim, Y. E.; Ho, Y. K. A.; Mor-Vaknin, N.; Wendschlag, N.; Liu, J.; Evans, R. M.; Mar-kovitz, D. M.; Zhan, C.; Kim, K. B.; Mohan, R. Chem. Biol. 2007, 14, 623.
[21] Ki, S. W.; Ishigami, K.; Kitahara, T.; Kasahara, K.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 39231.
[22] Dong, T.; Li, C.; Wang, X.; Dian, L.; Zhang, X.; Li, L.; Chen, S.; Cao, R.; Li, L.; Huang, N.; He, S.; Lei, X. Nat. Commun. 2015, 6, 6522.
[23] Margarucci, L.; Monti, M. C.; Cassiano, C.; Mozzicafreddo, M.; Angeletti, M.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A. Chem. Commun. 2013, 49, 5844.
[24] Cassiano, C.; Margarucci, L.; Exposito, R.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A.; Monti, M. C. Chem. Commun. 2014, 50, 6043.
[25] Klai?, L.; Morimoto, R. I.; Silverman, R. B. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 928.
[26] Li, J.; Casteels, T.; Frogne, T.; Ingvorsen, C.; Honore, C.; Courtney, M.; Huber, K. V. M.; Schminer, N.; Kimmel, R. A.; Ramanov, R. A.; Sturtzel, C.; Lardeau, C.; Klughammer, J.; Farlik, M.; Sdelci, S.; Vieira, A.; Avolio, F.; Briand, F.; Baburin, I.; Majek, P.; Pauler, F. M.; Penz, T.; Stukalov, A.; Gridling, M.; Parapatics, K.; Barbieux, C.; Berishvili, E.; Spittler, A.; Colinge, J.; Bennett, K.; Hering, S.; Sulpice, T.; Bock, C.; Distel, M.; Harkany, T.; Meyer, D.; Superti-Furga, G.; Collombat, R.; Hechsher-Sorensen, J.; Kubicek, S. Cell 2017, 168, 86.
[27] Kong, L. M.; Deng, X.; Zuo, Z. L.; Sun, H. D.; Zhao, Q. S.; Li, Y. Oncotarget 2014, 5, 11354.
[28] Liu, C.; Yin, Q.; Zhou, H.; Wu, Y.; Pu, J.; Xia, L.; Liu, W.; Huang, X.; Jiang, T.; Wu, M.; He, L.; Zhao, Y.; Wang, X.; Xiao, W.; Chen, H.; Zhao, Q.; Zhou, A.; Wang, L.; Sun, H.; Chen, G. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 486.
[29] Zhao, Q.; Ding, Y.; Deng, Z.; Lee, O. Y.; Gao, P.; Chen, P.; Rose, R. J.; Zhao, H.; Zhang, Z.; Tao, X.; Heck, A. J. R.; Kao, R.; Yang, D. Chem. Sci. 2015, 6, 4124.
[30] Li, D.; Li, C.; Li, L.; Chen, S.; Wang, L.; Li, Q.; Wang, X.; Lei, X.; Shen, Z. Cell Chem. Biol. 2016, 23, 257.
[31] Yi, C. M.; Yu, J.; Kim, H.; Lee, N. R.; Kim, S. W.; Lee, N. J.; Lee, J.; Seong, J.; Kim, N. J.; Inn, K. S. Chem. Commun. 2017, 53, 7045.
[32] Capolupo, A.; Esposito, R.; Zampella, A.; Festa, C.; Roccio, R.; Casapullo, A.; Tosco, A., Monti, M. C. J. Nat. Prod. 2017, 80, 909.
[33] Kanoh, N.; Kumashiro, S.; Simizu, S.; Kondoh, Y.; Hatakeyama, S.; Tashiro, H.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 115, 5742.
[34] Kanoh, N.; Honda, K.; Simizu, S.; Muroi, M.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 3559.
[35] Hirohama, M.; Kumar, A.; Fukuda, I.; Matsuoka, S.; Igarashi, Y.; Saitoh, H.; Takagi, M.; Shinya, K.; Honda, K.; Kondoh, Y.; Saito, T.; Nakao, Y.; Osada, H.; Zhang, K. Y. J.; Yoshida, M.; Ito, A. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 2635.
[36] Kolb, H. C.; Finn, M. G.; Sharpless, K. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 2004.
[37] Kalesh, K. A.; Clulow, J. A.; Tate, E. W. Chem. Commun. 2015, 51, 5497.
[38] Ciepla, P.; Konitsiotis, A. D.; Serwa, R. A.; Masumoto, N.; Leong, W. P.; Dallman, M. J.; Magee, A. I.; Tate, E. W. Chem. Sci. 2014, 5, 4249.
[39] Kreuzer, J.; Bach, N. C.; Forler, D.; Sieber, S. A. Chem. Sci. 2015, 6, 237.
[40] Batternberg, O. A.; Yang, Y.; Verhelst, S. H. L.; Sieber, S. A. Mol. BioSyst. 2013, 9, 343.
[41] Wang, J.; Zhang, J.; Zhang, C.; Wong, Y. K.; Lim, T. K.; Hua, Z.; Liu, B.; Tannenbaum, S. R.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Sci. Rep. 2016, 6, 22146.
[42] Wang, J.; Tan, X. F.; Nguyen, V. S.; Yang, P.; Zhou, J.; Gao, M.; Li, Z.; Lim, T. K.; He, Y.; Ong, C. S.; Lay, Y.; Zhang, J.; Zhu, G.; Lai, S.-L.; Ghosh, D.; Mok, Y. K.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, M113. 029793.
[43] Wang, J.; Zhang, C.; Chia, W.; Loh, C.; Li, Z.; Lee, Y.; He, Y.; Yuan, L.; Lim, T.; Liu, M.; Liew, C.; Lee, Y.; Zhang, J.; Lu, N.; Lim, C.; Hua, Z.; Liu, B.; Shen, H.-M.; Tan, S.; Lin, Q. Nat. Commun. 2015, 6, 10111.
[44] Ismail, H. M.; Barton, V.; Phanchana, M.; Charoensutthivarakul, S.; Wong, M. H. L.; Hemingway, J.; Biagini, G. A.; O'Neill, P. M.; Ward, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016, 113, 2080.
[45] Zhou, Y.; Li, W.; Xiao, Y. ACS Chem. Biol. 2016, 11, 882.
[46] Zhou, Y.; Li, W.; Zhang, X.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2016, 52, 14035.
[47] Li, J.; Cisar, J. S.; Zhou, C.-Y.; Vera, B.; Williams, H.; Rodrigurz, A. D.; Cravatt, B. F.; Romo, D. Nat. Chem. 2013, 5, 510.
[48] Nishino, M.; Choy, J. W.; Gushwa, N. N.; Oses-Prieto, J. A.; Koupparis, K.; Burlingame, A. L.; Renslo, A. R.; McKerrow, J. H.; Taunton, J. eLife 2013, 2, e00712.
[49] Zheng, B.; Zhu, S.; Wu, X. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 115.
[50] Yang, J.; Tallman, K. A.; Porter, N. A.; Liebler, D. C. Anal. Chem. 2015, 87, 2535.
[51] Wright, M. H.; Tao, Y.; Drechsel, J.; Krysiak, J.; Chamni, S.; Weigert-Munoz, A.; Harvey, N. L.; Romo, D.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, DOI:10. 1039/C7CC04990K.
[52] Yang, M.; Chen, P. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 783. (杨麦云, 陈鹏, 化学学报, 2015, 73, 783.)
[53] Smith, E.; Collins, I. Future Med. Chem. 2015, 7, 159.
[54] Park, J.; Koh, M.; Koo, J. Y.; Lee, S.; Park, S. B. ACS Chem. Biol. 2015, 11, 44.
[55] Kleiner, P.; Heydenreuter, W.; Stahl, M.; Korotkov, V. S.; Sieber, S. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 1396.
[56] Lamos, S. M.; Krusemark, C. J.; McGee, C. J.; Scalf, M.; Smith, L. M.; Belshaw, P. J. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4329.
[57] Eirich, J.; Orth, R; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12144.
[58] Shi, H.; Cheng, X.; Sze, S. K.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2011, 47, 11306.
[59] Hulce, J. J.; Cognetta, A. B.; Niphakis, M.; Tull, S. E.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2012, 10, 259
[60] Zhuang, S.; Li, Q.; Cai, L.; Wang, C.; Lei, X. ACS. Cent. Sci. 2017, 3, 501.
[61] Konziase, B. Anal. Biochem. 2015, 482, 25.
[62] Guo, H.; Xu, J.; Hao, P.; Ding, K.; Li, Z. Chem. Commun. 2017, 53, 9620.
[63] Lehmann, J.; Richers, J.; Pothig, A.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, 53, 107.
[64] Wang, D.; Cao, Y.; Zheng, L.; Lv, D.; Chen, L.; Xing, X.; Zhu, Z.; Li, X.; Chai, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 5020.
[65] Zhou, Y.; Di, Z.; Li, X.; Shan, Y.; Li, W.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 8671.
[66] Wright, M. H.; Fetzer, C.; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 6152.
[67] Tamura, T.; Tsukiji, S.; Hamachi, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2216.
[68] Hughes, C. C.; Yang, Y.; Liu, W.; Dorrestein, P. C.; La Clair, J. J.; Fenical, W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12094.
[69] Li, G.; Liu, Y.; Liu, Y.; Chen, L.; Wu, S.; Liu, Y.; Li, X. Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 9544.
[70] Park, J.; Oh, S.; Park, S. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 5447.
[71] Leriche, G.; Chisholm, L.; Wagner, A. Bioorg. Med. Chem. 2012, 20, 571.
[72] Li, W.; Zhou, Y.; Tang, G.; Xiao, Y. Bioconjugate Chem. 2016, 27, 2828.
[73] Barglow, K. T.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2007, 4, 822.
[74] Abegg, D.; Frei, R.; Cerato, L.; Prasad Hari, D.; Wang, C.; Waser, J.; Adibekian, A. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 10852.
[75] Wang, C.; Weerapana, E.; Blewett, M. M.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2014, 11, 79.
[76] Zhou, Y.; Li, W.; Wang, M.; Zhang, X.; Zhang, H.; Tong, X.; Xiao, Y. Mol. BioSyst. 2017, 13, 83.
[77] Grossman, E. A.; Ward, C. C.; Spradlin, J. N.; Bateman, L. A.; Huffman, T. R.; Miyamoto, D. K.; Kleinman, J. I.; Nomura, D. K. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1368.
[78] Tian, C.; Sun, R.; Liu, K.; Fu, L.; Liu, X.; Zhou, W.; Yang, Y.; Yang, J. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1416.
[79] Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376.
[80] Wiese, S.; Reidegeld, K. A.; Meyer, H. E.; Warscheid, B. Proteomics 2007, 7, 340.
[81] Thompson, A.; Schäfer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895.
[82] Wang, J.; Gao, L.; Lee, Y. M.; Kalesh, K. A.; Ong, Y. S.; Lim, J.; Jee, J.-E.; Sun, H.; Lee, S. S.; Hua, Z.-C.; Lin, Q. Pharmacol. Therapeut. 2016, 162, 10.
[83] Smith, G. P.; Petrenko, V. A. Chem. Rev. 1997, 97, 391.
[84] Jin, Y.; Yu, J.; Yu, Y. G. Chem. Biol. 2002, 9, 157.
[85] Takakusagi, Y.; Takakusagi, K.; Kuramochi, K.; Kobayashi, S.; Sugawara, F.; Sakaguchi, K. Bioorg. Med. Chem. 2007, 15, 7590.
[86] Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 55.
[87] Lomenick, B.; Hao, R.; Jonai, N.; Chin, R. M.; Aghajan, M.; Warburton, S.; Wang, J.; Wu, R. P.; Gomez, F.; Loo, J. A.; Wohlschlegel, J. A.; Vondriska, T. M.; Pelletier, J.; Herschman, H. R.; Clardy, J.; Clarke, C. F.; Huang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 21984.
[88] Chin, R. M.; Fu, X.; Pai, M. Y.; Vergnes, L.; Hwang, H.; Deng, G.; Diep, S.; Lomenick, B.; Meli, V. S.; Monsalve, G. C; Hu, E.; Whelan, S. A.; Wang, J. X.; Jung, G.; Solis, G. M.; Fazlollahi, F.; Kaweeteerawat, C.; Quach, A.; Nili, M.; Krall, A. S.; Godwin, H. A.; Chang, H. R.; Faull, K. F.; Guo, F.; Jiang, M.; Trauger, S. A.; Saghatelian, A.; Brass, D.; Christofk, H. R.; Clarke, C. F.; Teitell, M. A.; Petrascheck, M.; Reue, K.; Jung, M. E.; Frand, A. R.; Huang, J. Nature 2014, 510, 397.
[89] Fleta-Soriano, E.; Martinez, J. P.; Hinkelmann, B.; Gerth, K.; Washausen, P.; Diez, J.; Frank, R.; Sasse, F.; Meyerhans, A. Microb. Cell Fact. 2014, 13, 17.
[90] Hu, Y.-S. Ph. D. Dissertation, Second Military Medical University, Shanghai, 2013(in Chinese). (胡永胜, 博士论文, 第二军医大学, 上海, 2013.)
[91] Dal Piaz, F.; Vera Saltos, M. B.; Franceschelli, S.; Forte, G.; Marzocco, S.; Tuccinardi, T.; Poli, G.; Nejad Ebrahimi, S.; Hamburger, M.; De Tommasi, N.; Braca, A. J. Nat. Prod. 2016, 79, 2681.
[92] Molina, D. M.; Jafari, R.; Ignatushchenko, M.; Seki, T.; Larsson, E. A.; Dan, C.; Sreekumar, L.; Cao, Y.; Nordlund, P. Science 2013, 341, 84.
[93] Martinez, M. D.; Nordlund, P. Annu. Rev. Phamacol. 2016, 56, 141.
[94] Savitski, M. M.; Reinhard, F. B.; Franken, H.; Werner, T.; Savitski, M. F.; Eberhard, D.; Molina, D. M.; Jafari, R.; Dovega, R. B.; Klaeger, S.; Kuster, B. Science 2014, 346, 1255784.
[95] Reinhard, F. B.; Eberhard, D.; Werner, T.; Franken, H.; Childs, D.; Doce, C.; Savitski, M. F.; Huber, W.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M.; Drewes, G. Nat. Methods 2015, 12, 1129.
[96] Huber, K. V.; Olek, K. M.; Müller, A. C.; Tan, C. S. H.; Bennett, K. L.; Colinge, J.; Superti-Furga, G. Nat. Methods 2015, 12, 1055.
[97] Becher, I.; Werner, T.; Doce, C.; Zaal, E. A.; Tögel, I.; Khan, C. A.; Rueger, A.; Muelbaier, M.; Salzer, E.; Berkers, C. R.; Fitzpatrick, P. F.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 908.
[98] Franken, H.; Mathieson, T.; Childs, D.; Sweetman, G. M.; Werner, T.; Tögel, I.; Doce, C.; Gade, S.; Bantscheff, M.; Drewes, G.; Reinhard, F. B. Nat. Protoc. 2015, 10, 1567.
[99] Park, H.; Ha, J.; Koo, J. Y.; Park, J.; Park, S. B. Chem. Sci. 2017, 8, 1127.
[100] West, G. M.; Tucker, C. L.; Xu, T.; Park, S. K.; Han, X.; Yates, J. R.; Fitzgerald M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 9078.
[101] Chan, J. N.; Vuckovic, D.; Sleno, L.; Olsen, J. B.; Pogoutse, O.; Havugimana, P. C.; Hewel, J. A.; Bajaj, N.; Wang, Y.; Musteata, M. F.; Nislw, C.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111. 016642.
[102] Parsons, A. B.; Lopez, A.; Givoni, I. E.; Williams, D. E.; Gray, C. A.; Porter, J.; Chua, G.; Sopko, R.; Brost, R. L.; Ho, C. H.; Wang, J.; Ketela, T.; Brenner, C.; Brill, J. A.; Femandez, G. E.; Lorenz, T. C.; Payne, G. S.; Ishihara, S.; Ohya, Y.; Andrews, B.; Hughes, T. R.; Frey, B. J.; Graham, T. R.; Andersen, R. J.; Boone, C. Cell 2006, 126, 611.
[103] Ho, C. H.; Magtanong, L.; Barker, S. L.; Gresham, D.; Nishimura, S.; Natarajan, P.; Koh, J. L.; Porter, J.; Gray, C. A.; Andersen, R. J.; Giaever, G. Nat. Biotech. 2009, 27, 369.
[104] Luesch, H.; Wu, T. Y.; Ren, P.; Gray, N. S.; Schultz, P. G.; Supek, F. Chem. Biol. 2005, 12, 55.
[105] Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156.
[106] Lum, P. Y.; Armour, C. D.; Stepaniants, S. B.; Cavet, G.; Wolf, M. K.; Butler, J. S.; Hinshaw, J. C.; Garnier, P.; Prestwich, G. D.; Leonardson, A.; Garrett-Engele, P.; Leonardson, A. Cell 2004, 116, 121.
[107] Sopko, R.; Huang, D.; Preston, N.; Chua, G.; Papp, B.; Kafadar, K.; Snyder, M.; Oliver, S. G.; Cyert, M.; Hughes, T. R.; Boone, C.; Andrews, B. Mol. Cell 2006, 21, 319.
[108] Chen, X.; Ung, C. Y.; Chen, Y. Nat. Prod. Rep. 2003, 20, 432.
[109] Chen, X.; Ji, Z. L.; Chen, Y. Z. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 412.
[110] Gao, Z.; Li, H.; Zhang, H.; Liu, X.; Kang, L.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Wang, X.; Jiang, H. BMC Bioinformatics 2008, 9, 104.
[111] Chen, L.; Oughtred, R.; Berman, H. M.; Westbrook, J. Bioinformatics 2004, 20, 2860.
[112] Ji, Z. L.; Han, L. Y.; Yap, C. W.; Sun, L. Z.; Chen, X.; Chen, Y. Z. Drug Safety 2003, 26, 685.
[113] Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Cheng, D.; Shrivastava, S.; Tzur, D.; Gautam, B.; Hassanali, M. Nucleic Acids Res. 2007, 36, D901.
[114] Zhang, J. X.; Huang, W. J.; Zeng, J. H.; Huang, W. H.; Wang, Y.; Zhao, R.; Han, B. C.; Liu, Q. F.; Chen, Y. Z.; Ji, Z. L. Bioinformatics 2007, 23, 1710.
[115] Chen, Y. Z.; Ung, C. Y. Am. J. Chin. Med. 2002, 30, 139.
[116] Li, H.; Gao, Z.; Kang, L.; Zhang, H.; Yang, K.; Yu, K.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Shen, J.; Wang, X.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W219.
[117] Liu, X.; Ouyang, S.; Yu, B.; Liu, Y.; Huang, K.; Gong, J.; Zheng, S.; Li, Z.; Li, H.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, W609.
[118] Kinnings, S. L.; Jackson, R. M. J. Chem. Inf. Model. 2011, 28, 624.
[119] Wang, J. C.; Chu, P. Y.; Chen, C. M.; Lin, J. H. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W393.
[120] Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739.
[121] Park, K.; Cho, A. E. J. Ginseng. Res. 2017, 41, 534.
[122] Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156.
[123] Rees, M. G.; Seashore-Ludlow, B.; Cheah, J. H.; Adams, D. J.; Price, E. V.; Gill, S.; Javaid, S.; Coletti, M. E.; Jones, V. L.; Bodycombe, N. E.; Soule, C. K.; Alexander, B.; Li, A.; Montgomery, P.; Kotz, J. D.; Hon, C. S.; Munoz, B.; Liefeld, T.; Dancik, V.; Haber, D. A.; Clish, C. B.; Bittker, J. A.; Palmer, M.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A.; Shamji, A. F.; Schreiber, S. L. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 109.
[124] Yue, Q.; Feng, L.; Cao, B.; Liu, M.; Zhang, D.; Wu, W.; Jiang, B.; Yang, M.; Liu, X.; Guo, D. Mol. Cell. Proteomics 2016, 15, 26.
[125] Prieto, J. H.; Koncarevic, S.; Park, S. K.; Yates, J.; Becker, K. PLoS One 2008, 3, e4098.
[126] Kong, Q.; Tong, Q.; Lou, D.; Ding, J.; Zheng, B.; Chen, R.; Zhu, X.; Chen, X.; Dong, K.; Lu, S. Mol. BioSyst. 2015, 11, 1400.
[127] Hansen, J.; Palmfeldt, J.; Vang, S.; Corydon, T. J.; Gregersen, N.; Bross, P. PLoS One 2011, 6, e26634.
[128] Xu, Y.; Wang, Y.; Yan, L.; Liang, R. M.; Dai, B. D.; Tang, R. J.; Gao, P. H., Jiang, Y. Y. J. Proteome Res. 2009, 8, 5296.
[129] D'Aguanno, S.; D'Agnano, I.; De Canio, M.; Rossi, C.; Bernardini, S.; Federici, G.; Urbani, A. Mol. BioSyst. 2012, 8, 1068.
[130] Towbin, H.; Bair, K. W.; DeCaprio, J. A.; Eck, M. J.; Kim, S.; Kinder, F. R.; Morollo, A.; Mueller, D. R.; Schindler, P.; Song, H. K.; Van Oostrum, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52964.
[131] Futamura, Y.; Kawatani, M.; Kazami, S.; Tanaka, K.; Muroi, M.; Shimizu, T.; Tomita, K.; Watanabe, N.; Osada, H. Chem. Biol. 2012, 19, 1620.
[132] Futamura, Y.; Yamamoto, K; Osada, H. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2017, 81, 28.
[133] Shoemaker, R. H. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 813.
[134] Bai, R.; Paull, K. D.; Herald, C. L.; Malspeis, L.; Pettit, G. R.; Hamel, E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 15882.
[135] Kurita, K. L.; Glassey, E.; Linington, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 11999.
[136] Lu, Y.; Zhang, Y.; Li, L.; Feng, X.; Ding, S.; Zheng, W.; Li, J.; Shen, P. Chem. Biol. 2014, 21, 246.
[137] Leuenroth, S. J.; Okuhara, D.; Shotwell, J. D.; Markowitz, G. S.; Yu, Z.; Somlo, S.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 4389.
[138] Corson, T. W.; Cavga, H.; Aberle, N.; Crews, C. M. ChemBioChem 2001, 12, 1767.
[139] Vispé, S.; DeVries, L.; Créancier, L.; Besse, J.; Bréand, S.; Hobson, D. J.; Svejstrup, J. Q.; Annereau, J. P.; Cussac, D.; Dumontet, C.; Guilbaud, N. Mol. Cancer Therapeut. 2009, 8, 2780.
[140] Leuenroth, S. J.; Crews, C. M. Chem. Biol. 2005, 12, 1259.
[141] McCallum, C.; Kwon, S.; Leavitt, P.; Shen, D. M.; Liu, W.; Gurnett, A. Immunobiology 2007, 212, 549.
[142] Titov, D. V.; Gilman, B.; He, Q.-L.; Bhat, S.; Low, W. K.; Dang, Y.; Smeaton, M.; Demain, A. L.; Miller, P. S.; Kugel, J. F.; Goodrich, J. A.; Liu, J. O. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 182.
[143] He, Q. L.; Titov, D. V.; Li, J.; Tan, M.; Ye, Z.; Zhao, Y.; Romo, D.; Liu, J. O. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 1859.
[144] McClary, B.; Zinshteyn, B.; Meyer, M.; Jouanneau, M.; Pellegrino, S.; Yusupova, G.; Schuller, A.; Reyes, J. C. P.; Lu, J.; Guo, Z.; Ayinde, S.; Luo, C.; Dang, Y.; Romo, D.; Yusupov, M.; Green, R.; Liu, J. O. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 605.

活性天然产物靶标蛋白的鉴定

Target Identification of Bioactive Natural Products

PDF

Knowledge

Abstract

Cite this article

share this article

References

Related Articles 8

Recommended Articles

Metrics

Comments

[1]	Wang Chu, Chen Nan. Activity-based Protein Profiling [J]. Acta Chim. Sinica, 2015, 73(7): 657-668.
[2]	Zhao Mingjie;Cheng Yiyu;Chen Weizhe. A stepwise method for extracting the characteristic of complex chemical pattern in natural plants [J]. Acta Chimica Sinica, 2001, 59(6): 842-846.
[3]	Chang Junbiao;Chen Rongfeng;Wang Qiang;Liu Peng;Pan Xiping;Yu Dequan. Application of CD excition chirality method to the studies of polyoxygenated cyclohexenes [J]. Acta Chimica Sinica, 2000, 58(5): 554-558.
[4]	Liu Zhiyu;Li Hengguang;Chen Shuhua. Natural products synthesis by retro Diels-Alder reaction XIV. Stereospecific synthesis of (±)-epoformin and (± )-epiepoformin [J]. Acta Chimica Sinica, 1997, 55(6): 611-616.
[5]	ZHAO YUFEN;ZHAO RONGBAO;WU YULIN. Double michael reaction of carvone and its utilization in chiral synthesis of natural products [J]. Acta Chimica Sinica, 1994, 52(8): 823-830.
[6]	Zhao Fanzhi;Li Haiquan;Di Jianjun;Chen Nengyu;Chen Yaozu. Natural organic compound X. The study of alkali metal adduct ions technique of glycosides in fast atom bombardment mass spectrometry [J]. Acta Chimica Sinica, 1991, 49(12): 1487-1492.
[7]	ZHAO FANZHI;LI HONG;CHEN NENGYU;CHEN YAOZU;HUA SUMING;SUN HANDONG;LIN ZHONGWEN;XU YUNLONG. Studies on the mass spectrometry of natural products VI: Mass spectra of 20-C-nonoxygenated-ent-kaurenes [J]. Acta Chimica Sinica, 1989, 47(7): 656-661.
[8]	HE ZHI;LI YA;FANG SHENGDING;HONG SHANHAIAI. Structures of wilfortrine and neowilforine from tripterygium wilfordii hook.f. [J]. Acta Chimica Sinica, 1989, 47(2): 178-181.