Wang Chu , Chen Nan . Activity-based Protein Profiling[J]. Acta Chimica Sinica, 2015 , 73(7) : 657 -668 . DOI: 10.6023/A15040223

[1] Choudhary, C.; Mann, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 427.
[2] Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198.
[3] Walther, T. C.; Mann, M. J. Cell Biol. 2010, 190, 491.
[4] Kitchen, R. R.; Rozowsky, J. S.; Gerstein, M. B.; Nairn, A. C. Nat. Neurosci. 2014, 17, 1491.
[5] Otto, A.; Becher, D.; Schmidt, F. Proteomics 2014, 14, 547.
[6] Zhao, H. H.; Wang, W. Acta Chim. Sinica 2009, 67, 167. (赵慧辉, 王伟, 化学学报, 2009, 67, 167.)
[7] Zheng, J. F.; Sun, C. Y.; Sun, L. C.; Yang, X. M.; Wang, X. Z.; Huang, Y.; Li, Y.; He, J. Q. Acta Chim. Sinica 2010, 68, 996. (郑君芳, 孙超渊, 孙丽翠, 杨晓梅, 王小柱, 黄艳, 李洋, 贺俊琦, 化学学报, 2010, 68, 996.)
[8] Ye, H.; Liu, W.; Yu, C. H.; Li, Y. M.; Jiang, Y. Prog. Biochem. Biophys. 2011, 38, 487. (叶桦, 刘伟, 虞超辉, 厉有名, 姜颖, 生物化学与生物物理进展, 2011, 38, 487.)
[9] Ito, T.; Ota, K.; Kubota, H.; Yamaguchi, Y.; Chiba, T.; Sakuraba, K.; Yoshida, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 561.
[10] Yang, Q. H.; Li, L. Prog. Biochem. Biophys. 1999, 31, 221. (杨齐衡, 李林, 生物化学与生物物理进展, 1999, 31, 221.)
[11] Patton, W. F. Electrophoresis 2000, 21, 1123.
[12] Min, L. F.; He, S. Y.; Chen, Q.; Xie, M. X.; Peng, H. B.; Cao, L. Y.; Wang, H. S.; Zhu, X. Y. Acta Chim. Sinica 2011, 69, 2609. (闵凌峰, 何淑雅, 陈琼, 谢明萱, 彭红兵, 曹兰玉, 王怀石, 朱小燕, 化学学报, 2011, 69, 2609.)
[13] Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994.
[14] Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242.
[15] Speers, A. E.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10018.
[16] Hu, Z. Y.; Sun, Z.; Zhang, Y.; Wu, R. A.; Zou, H. F. Acta Chim. Sinica 2012, 70, 2059. (胡争艳, 孙珍, 张轶, 吴仁安, 邹汉法, 化学学报, 2012, 70, 2059.)
[17] Wang, J. L.; Wan, J. H.; Luo, L.; Xiong, S. X.; Wang, G. H.; He, F. C.; Qian, X. H. Acta Biochim. Biophys. Sin. 2000, 4, 373. (王京兰, 万晶宏, 罗凌, 熊少祥, 王光辉, 贺福初, 钱小红, 生物化学与生物物理学报, 2000, 4, 373.)
[18] Yin, X. F.; Liu, X. H.; Shen, H. L.; Jin, H.; Yang, P. Y. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 337. (殷薛飞, 刘晓慧, 申华莉, 金红, 杨芃原, 化学学报, 2015, 73, 337.)
[19] Thomas, G. M.; Huganir, R. L. Nat. Rev. Neurosci. 2004, 5, 173.
[20] Vucic, D.; Dixit, V. M.; Wertz, I. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2011, 12, 439.
[21] Tessarz, P.; Kouzarides, T. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014, 15, 703.
[22] Khan, A. R.; James, M. N. Protein Sci. 1998, 7, 815.
[23] Riedl, S. J.; Shi, Y. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 897.
[24] Liu, Y.; Patricelli, M. P.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 14694.
[25] Jessani, N.; Niessen, S.; Wei, B. Q.; Nicolau, M.; Humphrey, M.; Ji, Y.; Han, W.; Noh, D. Y.; Yates, J. R., 3rd; Jeffrey, S. S.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2005, 2, 691.
[26] Prescher, J. A.; Bertozzi, C. R. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 13.
[27] Hein, J. E.; Fokin, V. V. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1302.
[28] McKay, C. S.; Finn, M. G. Chem. Biol. 2014, 21, 1075.
[29] Kolb, H. C.; Finn, M. G.; Sharpless, K. B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2001, 40, 2004.
[30] Rostovtsev, V. V.; Green, J. G.; Fokin, V. V.; Sharpless, K. B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2002, 41, 2596.
[31] Speers, A. E.; Adam, G. C.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4686.
[32] Speers, A. E.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10018.
[33] Grammel, M.; Zhang, M. M.; Hang, H. C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2010, 49, 5970.
[34] Nessen, M. A.; Kramer, G.; Back, J.; Baskin, J. M.; Smeenk, L. E.; de Koning, L. J.; van Maarseveen, J. H.; de Jong, L.; Bertozzi, C. R.; Hiemstra, H.; de Koster, C. G. J. Proteome Res. 2009, 8, 3702.
[35] Szychowski, J.; Mahdavi, A.; Hodas, J. J.; Bagert, J. D.; Ngo, J. T.; Landgraf, P.; Dieterich, D. C.; Schuman, E. M.; Tirrell, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 18351.
[36] Kim, H. Y.; Tallman, K. A.; Liebler, D. C.; Porter, N. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2080.
[37] Weerapana, E.; Speers, A. E.; Cravatt, B. F. Nat. Protoc. 2007, 2, 1414.
[38] Long, J. Z.; Cravatt, B. F. Chem. Rev. 2011, 111, 6022.
[39] Kraut, J. Annu. Rev. Biochem. 1977, 46, 331.
[40] Chapman, H. A.; Riese, R. J.; Shi, G. P. Annu. Rev. Physiol. 1997, 59, 63.
[41] Kato, D.; Boatright, K. M.; Berger, A. B.; Nazif, T.; Blum, G.; Ryan, C.; Chehade, K. A.; Salvesen, G. S.; Bogyo, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 33.
[42] Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912.
[43] Hanks, S. K.; Hunter, T. FASEB J. 1995, 9, 576.
[44] Patricelli, M. P.; Szardenings, A. K.; Liyanage, M.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, M.; Weissig, H.; Aban, A.; Chun, D.; Tanner, S.; Kozarich, J. W. Biochemistry 2007, 46, 350.
[45] Patricelli, M. P.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, J.; Brown, H.; Zhou, D.; Zhang, J.; Jagannathan, S.; Aban, A.; Okerberg, E.; Herring, C.; Nordin, B.; Weissig, H.; Yang, Q.; Lee, J. D.; Gray, N. S.; Kozarich, J. W. Chem. Biol. 2011, 18, 699.
[46] Ranjitkar, P.; Perera, B. G.; Swaney, D. L.; Hari, S. B.; Larson, E. T.; Krishnamurty, R.; Merritt, E. A.; Villen, J.; Maly, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 19017.
[47] Hooper, N. M. FEBS Lett. 1994, 354, 1.
[48] Saghatelian, A.; Jessani, N.; Joseph, A.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 10000.
[49] Sieber, S. A.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 274.
[50] Salisbury, C. M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 1171.
[51] Salisbury, C. M.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2184.
[52] Williams, S. J.; Hekmat, O.; Withers, S. G. ChemBioChem 2006, 7, 116.
[53] Witte, M. D.; Walvoort, M. T.; Li, K. Y.; Kallemeijn, W. W.; Donker-Koopman, W. E.; Boot, R. G.; Aerts, J. M.; Codee, J. D.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem 2011, 12, 1263.
[54] Chauvigne-Hines, L. M.; Anderson, L. N.; Weaver, H. M.; Brown, J. N.; Koech, P. K.; Nicora, C. D.; Hofstad, B. A.; Smith, R. D.; Wilkins, M. J.; Callister, S. J.; Wright, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 20521.
[55] Willems, L. I.; Jiang, J.; Li, K. Y.; Witte, M. D.; Kallemeijn, W. W.; Beenakker, T. J.; Schroder, S. P.; Aerts, J. M.; van der Marel, G. A.; Codee, J. D.; Overkleeft, H. S. Chemistry 2014, 20, 10864.
[56] Wright, A. T.; Song, J. D.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 10692.
[57] Ismail, H. M.; O'Neill, P. M.; Hong, D. W.; Finn, R. D.; Henderson, C. J.; Wright, A. T.; Cravatt, B. F.; Hemingway, J.; Paine, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 19766.
[58] Kumar, S.; Zhou, B.; Liang, F.; Wang, W. Q.; Huang, Z.; Zhang, Z. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 7943.
[59] Walls, C.; Zhou, B.; Zhang, Z. Y. Methods Mol. Biol. 2009, 519, 417.
[60] Li, G.; Liang, Q.; Gong, P.; Tencer, A. H.; Zhuang, Z. Chem. Commun. (Camb.) 2014, 50, 216.
[61] Chang, J. W.; Cognetta, A. B., 3rd; Niphakis, M. J.; Cravatt, B. F. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 1590.
[62] Weerapana, E.; Simon, G. M.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 405.
[63] Shannon, D. A.; Banerjee, R.; Webster, E. R.; Bak, D. W.; Wang, C.; Weerapana, E. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 3330.
[64] Jessani, N.; Liu, Y.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 10335.
[65] Jessani, N.; Humphrey, M.; McDonald, W. H.; Niessen, S.; Masuda, K.; Gangadharan, B.; Yates, J. R., 3rd; Mueller, B. M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 13756.
[66] Long, J. Z.; Li, W.; Booker, L.; Burston, J. J.; Kinsey, S. G.; Schlosburg, J. E.; Pavon, F. J.; Serrano, A. M.; Selley, D. E.; Parsons, L. H.; Lichtman, A. H.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 37.
[67] Greenbaum, D. C.; Baruch, A.; Grainger, M.; Bozdech, Z.; Medzihradszky, K. F.; Engel, J.; DeRisi, J.; Holder, A. A.; Bogyo, M. Science 2002, 298, 2002.
[68] Bachovchin, D. A.; Brown, S. J.; Rosen, H.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 387.
[69] Thornberry, N. A.; Bull, H. G.; Calaycay, J. R.; Chapman, K. T.; Howard, A. D.; Kostura, M. J.; Miller, D. K.; Molineaux, S. M.; Weidner, J. R.; Aunins, J.; Elliston, K. O.; Ayala, J. M.; Casano, F. J.; Chin, J.; Ding, G. J.-F.; Egger, L. A.; Gaffney, E. P.; Limjuco, G.; Palyha, O. C.; Raju, S.M.; Rolando, A. M.; Salley, J. P.; Yamin, T. T.; Lee, T. D.; John, E. S.; MacCross, M.; Mumford, R. A.; Schmidt, J. A.; Tocci, M. J. Nature 1992, 356, 768.
[70] Holmgren, A. J. Biol. Chem. 1989, 264, 13963.
[71] Ono, Y.; Fujii, T.; Igarashi, K.; Kuno, T.; Tanaka, C.; Kikkawa, U.; Nishizuka, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989, 86, 4868.
[72] Jaffrey, S. R.; Erdjument-Bromage, H.; Ferris, C. D.; Tempst, P.; Snyder, S. H. Nat. Cell Biol. 2001, 3, 193.
[73] Paulsen, C. E.; Truong, T. H.; Garcia, F. J.; Homann, A.; Gupta, V.; Leonard, S. E.; Carroll, K. S. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 57.
[74] Martin, B. R.; Wang, C.; Adibekian, A.; Tully, S. E.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2012, 9, 84.
[75] Barrett, W. C.; DeGnore, J. P.; König, S.; Fales, H. M.; Keng, Y. F.; Zhang, Z. Y.; Yim, M. B.; Chock, P. B. Biochemistry 1999, 38, 6699.
[76] Mustafa, A. K.; Gadalla, M. M.; Sen, N.; Kim, S.; Mu, W.; Gazi, S. K.; Barrow, R. K.; Yang, G.; Wang, R.; Snyder, S. H. Science Signaling 2009, 2, ra72.
[77] Zhang, L.; Ding, X.; Cui, J.; Xu, H.; Chen, J.; Gong, Y.-N.; Hu, L.; Zhou, Y.; Ge, J.; Lu, Q. Nature 2012, 481, 204.
[78] Weerapana, E.; Wang, C.; Simon, G. M.; Richter, F.; Khare, S.; Dillon, M. B.; Bachovchin, D. A.; Mowen, K.; Baker, D.; Cravatt, B. F. Nature 2010, 468, 790.
[79] Knight, Z. A.; Shokat, K. M. Cell 2007, 128, 425.
[80] Spring, D. R. Chem. Soc. Rev. 2005, 34, 472.
[81] Terstappen, G. C.; Schlupen, C.; Raggiaschi, R.; Gaviraghi, G. Nat. Rev. Drug Discov. 2007, 6, 891.
[82] Liebler, D. C. Chem. Res. Toxicol. 2008, 21, 117.
[83] Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376.
[84] Lanning, B. R.; Whitby, L. R.; Dix, M. M.; Douhan, J.; Gilbert, A. M.; Hett, E. C.; Johnson, T. O.; Joslyn, C.; Kath, J. C.; Niessen, S.; Roberts, L. R.; Schnute, M. E.; Wang, C.; Hulce, J. J.; Wei, B.; Whiteley, L. O.; Hayward, M. M.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 760.
[85] Berger, A. B.; Witte, M. D.; Denault, J. B.; Sadaghiani, A. M.; Sexton, K. M.; Salvesen, G. S.; Bogyo, M. Mol. Cell 2006, 23, 509.
[86] Wang, J.; Zhang, C. J.; Zhang, J.; He, Y.; Lee, Y. M.; Chen, S.; Lim, T. K.; Ng, S.; Shen, H. M.; Lin, Q. Sci. Rep. 2015, 5, 7896.
[87] Sun, L.; Wang, H.; Wang, Z.; He, S.; Chen, S.; Liao, D.; Wang, L.; Yan, J.; Liu, W.; Lei, X.; Wang, X. Cell 2012, 148, 213.
[88] Wang, C.; Weerapana, E.; Blewett, M. M.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2014, 11, 79.
[89] Gubbens, J.; Ruijter, E.; de Fays, L. E.; Damen, J. M.; de Kruijff, B.; Slijper, M.; Rijkers, D. T.; Liskamp, R. M.; de Kroon, A. I. Chem. Biol. 2009, 16, 3.
[90] Hulce, J. J.; Cognetta, A. B.; Niphakis, M. J.; Tully, S. E.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2013, 10, 259.
[91] Rajagopalan, S.; Wang, C.; Yu, K.; Kuzin, A. P.; Richter, F.; Lew, S.; Miklos, A. E.; Matthews, M. L.; Seetharaman, J.; Su, M.; Hunt, J. F.; Cravatt, B. F.; Baker, D. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 386.