化学学报 ›› 2006, Vol. 64 ›› Issue (20): 2065-2070. 上一篇 下一篇
研究论文
周鹏1,2, 李志良*,1,2, 田菲菲1, 张梦军3
ZHOU Peng1,2; LI Zhi-Liang*,1,2; TIAN Fei-Fei1; ZHANG Meng-Jun3
给出了基于定量序效模型(QSAM)的计算机辅助虚拟疫苗库设计方案, 并以此为基础成功组建了一个合理规模的HLA-A*0201限制性CTL表位库, 其实现流程如下: (1)从天然氨基酸516种理化性质经主成分分析(PCA)得到一种新的氨基酸描述子: 氨基酸综合性质得分(SP-score); (2)基于SP-score结合遗传-偏最小二乘(GA-PLS)技术建立QSAM模型; (3)利用QSAM模型作为评价工具采用遗传算法(GA)优化CTL表位种群; (4)统计优秀种群中20种氨基酸分别在抗原肽序列不同位置出现频率f; (5)保留f>F (F为平均出现概率, 对于任意氨基酸为1/20)的氨基酸作为该位置的有利残基类型参与虚拟组合库的构建.