柔性原子受体模型(Flexible Atom Receptor Model, FLARM)方法使用了改进 的遗传算法(IGA),比传统的受体模型方法具有更快的计算速度;FLARM受体模型中 的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的,避免了不合适的起始位点对模型的影 响;另外,FLARM用增加空原子权重的方法,可以生成不完全封闭的、允许有大段 空区域的受体模型,这样的模型能更好地模拟实际受体的结构,并且容易和药效团 模型找到对应关系。我们用FLARM方法分别计算了甾类化合物体系的CBG蛋白亲和性 和1,1,3-三氧-2H,4H-噻吩并[3,4-e] [1,2,4]噻二嗪衍生物(TTD)体系的抗HIV-1活 性,计算结果表明FLARM生成的虚拟受体模型对配体分子的活性具有较高的预测能 力,在此虚拟受体模型的基础上还可以进一步分析虚拟受体分子与配体分子的相互 作用机制,对真实受体分子结构的活性位点进行初步预测。
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