化学学报 ›› 2013, Vol. 71 ›› Issue (02): 199-204.DOI: 10.6023/A12110899 上一篇 下一篇
研究论文
陈晓光a, 赵晓杰b, 王嵩b, 王丽萍a, 李惟a, 孙家钟b
Chen Xiaoguanga, Zhao Xiaojieb, Wang Songb, Wang Lipinga, Li Weia, Sun Chiachongb
应用分子模拟理论与方法研究了人类沉默信息调节因子2相关酶类Sirtuin家族成员Sirt1及Sirt2与一种活性分子(命名为INA)的作用机制. 同源模建了Sirt1的三维结构, 通过分子对接手段得到Sirt1(NAD+)-INA及Sirt2(NAD+)- INA的两种复合物体系, 进行了分子动力学模拟. 并且分别计算了两种体系中关键氨基酸残基与INA的结合自由能值, 由此推测出Sirt1(NAD+)-INA、Sirt2(NAD+)-INA体系结合位点分别为Val72, Ser73和Arg272及Phe235, Leu264和Gly305, 确证了两种体系的结合模式. 模拟结果表明, 在Sirt1(NAD+)-INA体系中, INA与催化底物NAD+距离较近, 可以相互作用, 具有较高活性; 在Sirt2(NAD+)-INA体系中, INA与催化底物NAD+距离较远, 与在Sirt1体系中比较, INA对Sirt2体系的活性较弱, 结果与实验一致. 本文的研究, 对今后以去乙酰化酶Sirt1, Sirt2为靶点的新药开发具有一定指导意义.