化学学报 ›› 2009, Vol. 67 ›› Issue (5): 453-458. 上一篇
研究论文
马国正* 刘 聪 求亚芳 南俊民
(华南师范大学化学与环境学院 广州 510006)
Ma, Guozheng* Liu, Cong Qiu, Yafang Nan, Junmin
(School of Chemistry & Environment, South China Normal University, Guangzhou 510006)
采用分子动力学模拟了DNA小沟结合芳香二脒药物DB818形成的复合物. 通过5 ns的模拟研究表明: DB818药物分子可紧密结合在DNA的AATTC小沟区域, 和双螺旋d[CGCGAATTCGCG]2形成稳定的复合物. 由于噻吩硫原子的弱电负性, 使DB818能够以更大的伸展程度与DNA的小沟结合, 形成更强的结合力. DB818苯并咪唑的氮原子能够与DNA 7位和19位T碱基上的氧原子形成两个稳定的氢键, 同时, DB818末端氨基氮原子分别与DNA 的20位T碱基的氧原子和9位C碱基的氧原子形成两个氢键. 另外, 运用MM_PBSA方法计算了DB293-DNA和DB818-DNA复合物的结合自由能, 计算结合能与实验值能较好的吻合, 通过比较其结合自由能, 从热力学能量角度说明了DB818有较大的熵值与较小的焓值贡献, 从而与DNA小沟结合的结合力比DB293强. 本文在分子水平上提供了DB818直接与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况, 为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.