[1] Smith, S.; Witkowski, A.; Joshi, A. K. Prog. Lipid Res. 2003, 42, 289. [2] White, S. W.; Zheng, J.; Zhang, Y. M.; Rock, C.O. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 791. [3] Cronan, J. E.; Thomas, J. Methods Enzymol. 2009, 459, 395. [4] Anghel, S. I.; Wahli, W. Cell Res. 2007, 17, 486. [5] Clay, H. B.; Parl, A. K.; Mitchell, S. L.; Singh, L.; Bell, L. N.; Murdock, D. G. PLoS One 2016, 11, e0151171. [6] Nathan, C. J. Exp. Med. 2017, 214, 2175. [7] Sukheja, P.; Kumar, P.; Mittal, N.; Li, S. G.; Singleton, E.; Russo, R.; Perryman, A. L.; Shrestha, R.; Awasthi, D.; Husain, S.; Soteropoulos, P.; Brukh, R.; Connell, N.; Freundlich, J. S.; Alland, D. mBio 2017, 8, e02022. [8] Ballinger, E.; Mosior, J.; Hartman, T.; Burns-Huang, K.; Gold, B.; Morris, R.; Goullieux, L.; Blanc, I.; Vaubourgeix, J.; Lagrange, S.; Fraisse, L.; Sans, S.; Couturier, C.; Bacque, E.; Rhee, K.; Scarry, S. M.; Aube, J.; Yang, G.; Ouerfelli, O.; Schnappinger, D.; Ioerger, T. R.; Engelhart, C. A.; McConnell, J. A.; McAulay, K.; Fay, A.; Roubert, C.; Sacchettini, J.; Nathan, C. Science 2019, 363, 6426. [9] Thorell, K.; Lehours, P.; Vale, F. F. Helicobacter 2017, 22 Suppl 1, e12409. [10] Jimenez-Diaz, L.; Caballero, A.; Perez-Hernandez, N.; Segura, A. Microb. Biotechnol. 2017, 10, 103. [11] Babu, M.; Greenblatt, J. F.; Emili, A.; Strynadka, N. C.; Reithmeier, R. A.; Moraes, T. F. Structure 2010, 18, 1450. [12] Ohlrogge, J.; Savage, L.; Jaworski, J.; Voelker, T.; Postbeittenmiller, D. Arch. Biochem. Biophys. 1995, 317, 185. [13] Chan, D. I.; Chu, B. C.; Lau, C. K.; Hunter, H. N.; Byers, D. M.; Vogel, H. J. J. Biol. Chem. 2010, 285, 30558. [14] Dall'aglio, P.; Arthur, C. J.; Williams, C.; Vasilakis, K.; Maple, H. J.; Crosby, J.; Crump, M. P.; Hadfield, A. T. Biochemistry 2011, 50, 5704. [15] Marcella, A. M.; Culbertson, S. J.; Shogren-Knaak, M. A.; Barb, A. W. J. Mol. Biol. 2017, 429, 3763. [16] Keating, D. H.; Carey, M. R.; Cronan, J. E. J. Biol. Chem. 1995, 270, 22229. [17] Bunkoczi, G.; Pasta, S.; Joshi, A.; Wu, X.; Kavanagh, K. L.; Smith, S.; Oppermann, U. Chem. Biol. 2007, 14, 1243. [18] Joseph-McCarthy, D.; Parris, K.; Huang, A.; Failli, A.; Quagliato, D.; Dushin, E. G.; Novikova, E.; Severina, E.; Tuckman, M.; Petersen, P. J.; Dean, C.; Fritz, C. C.; Meshulam, T.; DeCenzo, M.; Dick, L.; McFadyen, I. J.; Somers, W. S.; Lovering, F.; Gilbert, A. M. J. Med. Chem. 2005, 48, 7960. [19] Chu, M.; Mierzwa, R.; Xu, L.; Yang, S. W.; He, L.; Patel, M.; Stafford, J.; Macinga, D.; Black, T.; Chan, T. M.; Gullo, V. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 3827. [20] Ruch, F. E.; Vagelos, P. R. J. Biol. Chem. 1973, 248, 8095. [21] Hong, S. K.; Kim, K. H.; Park, J. K.; Jeong, K. W.; Kim, Y.; Kim, E. E. FEBS Lett. 2010, 584, 1240. [22] Lee, W. C.; Park, J.; Balasubramanian, P. K.; Kim, Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2018, 505, 208. [23] Li, Z.; Huang, Y.; Ge, J.; Fan, H.; Zhou, X.; Li, S.; Bartlam, M.; Wang, H.; Rao, Z. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1075. [24] Keatinge-Clay, A. T.; Shelat, A. A.; Savage, D. F.; Tsai, S.-C.; Miercke, L. J. W.; O'Connell, J. D.; Khosla, C.; Stroud, R. M. Structure 2003, 11, 147. [25] Liu, W.; Han, C.; Hu, L.; Chen, K.; Shen, X.; Jiang, H. FEBS Lett. 2006, 580, 697. [26] Kong, Y. H.; Zhang, L.; Yang, Z. Y.; Han, C.; Hu, L. H.; Jiang, H. L.; Shen, X. Acta Pharmacol. Sin. 2008, 29, 870. [27] Kumar, V.; Sharma, A.; Pratap, S.; Kumar, P. Biochimie 2018, 149, 18. [28] Kumar, V.; Sharma, A.; Pratap, S.; Kumar, P. BBA-Proteins Proteom 2018, 1866, 1131. [29] Li, Y.; Florova, G.; Reynolds, K. A. J. Bacteriol. 2005, 187, 3795. [30] Han, L.; Lobo, S.; Reynolds, K. A. J. Bacteriol. 1998, 180, 4481. [31] Tsay, J. T.; Oh, W.; Larson, T. J.; Jackowski, S.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 1992, 267, 6807. [32] Gajiwala, K. S.; Margosiak, S.; Lu, J.; Cortez, J.; Su, Y.; Nie, Z.; Appelt, K. FEBS Lett. 2009, 583, 2939. [33] Yuan, Y.; Sachdeva, M.; Leeds, J. A.; Meredith, T. C. J. Bacteriol. 2012, 194, 5171. [34] Milligan, J. C.; Lee, D. J.; Jackson, D. R.; Schaub, A. J.; Beld, J.; Barajas, J. F.; Hale, J. J.; Luo, R.; Burkart, M. D.; Tsai, S. C. Nat. Chem. Biol. 2019, 15, 669. [35] Mindrebo, J. T.; Patel, A.; Kim, W. E.; Davis, T. D.; Chen, A.; Bartholow, T. G.; La Clair, J. J.; McCammon, J. A.; Noel, J. P.; Burkart, M. D. Nat. Commun. 2020, 11, 1727. [36] Nanson, J. D.; Himiari, Z.; Swarbrick, C. M.; Forwood, J. K. Sci. Rep. 2015, 5, 14797. [37] Price, A. C.; Choi, K. H.; Heath, R. J.; Li, Z.; White, S. W.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 2001, 276, 6551. [38] Wang, J.; Kodali, S.; Lee, S. H.; Galgoci, A.; Painter, R.; Dorso, K.; Racine, F.; Motyl, M.; Hernandez, L.; Tinney, E.; Colletti, S. L.; Herath, K.; Cummings, R.; Salazar, O.; González, I.; Basilio, A.; Vicente, F.; Genilloud, O.; Pelaez, F.; Jayasuriya, H.; Young, K.; Cully, D. F.; Singh, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 7612. [39] Daines, R. A.; Pendrak, I.; Sham, K.; Van Aller, G. S.; Konstantinidis, A. K.; Lonsdale, J. T.; Janson, C. A.; Qiu, X.; Brandt, M.; Khandekar, S. S.; Silverman, C.; Head, M. S. J. Med. Chem. 2003, 46, 5. [40] McKinney, D. C.; Eyermann, C. J.; Gu, R. F.; Hu, J.; Kazmirski, S. L.; Lahiri, S. D.; McKenzie, A. R.; Shapiro, A. B.; Breault, G. ACS Infect. Dis. 2016, 2, 456. [41] Wang, J.; Soisson, S. M.; Young, K.; Shoop, W.; Kodali, S.; Galgoci, A.; Painter, R.; Parthasarathy, G.; Tang, Y. S.; Cummings, R.; Ha, S.; Dorso, K.; Motyl, M.; Jayasuriya, H.; Ondeyka, J.; Herath, K.; Zhang, C.; Hernandez, L.; Allocco, J.; Basilio, A.; Tormo, J. R.; Genilloud, O.; Vicente, F.; Pelaez, F.; Colwell, L.; Lee, S. H.; Michael, B.; Felcetto, T.; Gill, C.; Silver, L. L.; Hermes, J. D.; Bartizal, K.; Barrett, J.; Schmatz, D.; Becker, J. W.; Cully, D.; Singh, S. B. Nature 2006, 441, 358. [42] Zheng, Z.; Parsons, J. B.; Tangallapally, R.; Zhang, W.; Rock, C. O.; Lee, R. E. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2014, 24, 2585. [43] Kallberg, Y.; Oppermann, U.; Jornvall, H.; Persson, B. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 4409. [44] Hou, J.; Zheng, H.; Chruszcz, M.; Zimmerman, M. D.; Shumilin, I. A.; Osinski, T.; Demas, M.; Grimshaw, S.; Minor, W. J. Bacteriol. 2016, 198, 463. [45] Price, A. C.; Zhang, Y.-M.; Rock, C. O.; White, S. W. Biochemistry 2001, 40, 12772. [46] Silva, R. G.; Rosado, L. A.; Santos, D. S.; Basso, L. A. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 471, 1. [47] Price, A. C.; Zhang, Y. M.; Rock, C. O.; White, S. W. Structure 2004, 12, 417. [48] Cohen-Gonsaud, M.; Ducasse-Cabanot, S.; Quemard, A.; Labesse, G. Proteins 2005, 60, 392. [49] Cukier, C. D.; Hope, A. G.; Elamin, A. A.; Moynie, L.; Schnell, R.; Schach, S.; Kneuper, H.; Singh, M.; Naismith, J. H.; Lindqvist, Y.; Gray, D. W.; Schneider, G. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 2518. [50] Lai, C. Y.; Cronan, J. E. J. Bacteriol. 2004, 186, 1869. [51] Sohn, M.-J.; Zheng, C.-J.; Kim, W.-G. J. Antibiot. 2008, 61, 687. [52] Wickramasinghe, S. R.; Inglis, K. A.; Urch, J. E.; Muller, S.; van Aalten, D. M.; Fairlamb, A. H. Biochem. J. 2006, 393, 447. [53] Tasdemir, D.; Lack, G.; Brun, R.; Rüedi, P.; Scapozza, L.; Perozzo, R. J. Med. Chem. 2006, 49, 3345. [54] Zhang, F.; Luo, S. Y.; Ye, Y. B.; Zhao, W. H.; Sun, X. G.; Wang, Z. Q.; Li, R.; Sun, Y. H.; Tian, W. X.; Zhang, Y. X. Biotechnol. Appl. Biochem. 2008, 51, 73. [55] Zeng, D.; Zhao, J.; Chung, H. S.; Guan, Z.; Raetz, C. R.; Zhou, P. J. Biol. Chem. 2013, 288, 5475. [56] Swarnamukhi, P. L.; Sharma, S. K.; Bajaj, P.; Surolia, N.; Surolia, A.; Suguna, K. FEBS Lett. 2006, 580, 2653. [57] Zhang, L.; Xiao, J.; Xu, J.; Fu, T.; Cao, Z.; Zhu, L.; Chen, H. Z.; Shen, X.; Jiang, H.; Zhang, L. Cell Res. 2016, 26, 1330. [58] Shen, S.; Hang, X.; Zhuang, J.; Zhang, L.; Bi, H.; Zhang, L. Int. J. Biol. Macromol. 2019, 128, 5. [59] Dodge, G. J.; Patel, A.; Jaremko, K. L.; McCammon, J. A.; Smith, J. L.; Burkart, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2019, 116, 6775. [60] Moynie, L.; Leckie, S. M.; McMahon, S. A.; Duthie, F. G.; Koehnke, A.; Taylor, J. W.; Alphey, M. S.; Brenk, R.; Smith, A. D.; Naismith, J. H. J. Mol. Biol. 2013, 425, 365. [61] Heath, R. J.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 1996, 271, 27795. [62] Nguyen, C.; Haushalter, R. W.; Lee, D. J.; Markwick, P. R.; Bruegger, J.; Caldara-Festin, G.; Finzel, K.; Jackson, D. R.; Ishikawa, F.; O'Dowd, B.; McCammon, J. A.; Opella, S. J.; Tsai, S. C.; Burkart, M. D. Nature 2014, 505, 427. [63] Bi, H.; Zhu, L.; Jia, J.; Zeng, L.; Cronan, J. E. Cell Chem. Biol. 2016, 23, 1480. [64] Wang, H.; Cronan, J. E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 34489. [65] Bi, H.; Wang, H.; Cronan, J. E. Chem. Biol. 2013, 20, 1157. [66] Marrakchi, H.; Choi, K. H.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 2002, 277, 44809. [67] Aguilar, P. S.; Cronan, J. E.; de Mendoza, D. J. Bacteriol. 1998, 180, 2194. [68] Sharma, S. K.; Kapoor, M.; Ramya, T. N.; Kumar, S.; Kumar, G.; Modak, R.; Sharma, S.; Surolia, N.; Surolia, A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 45661. [69] Zhang, L.; Liu, W.; Hu, T.; Du, L.; Luo, C.; Chen, K.; Shen, X.; Jiang, H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5370. [70] He, L.; Zhang, L.; Liu, X.; Li, X.; Zheng, M.; Li, H.; Yu, K.; Chen, K.; Shen, X.; Jiang, H.; Liu, H. J. Med. Chem. 2009, 52, 2465. [71] Zhang, L.; Kong, Y.; Wu, D.; Zhang, H.; Wu, J.; Chen, J.; Ding, J.; Hu, L.; Jiang, H.; Shen, X. Protein Sci. 2008, 17, 1971. [72] Chen, J.; Zhang, L.; Zhang, Y.; Zhang, H.; Du, J.; Ding, J.; Guo, Y.; Jiang, H.; Shen, X. BMC Microbiol. 2009, 9, 91. [73] McGillick, B. E.; Kumaran, D.; Vieni, C.; Swaminathan, S. Biochemistry 2016, 55, 1091. [74] Leesong, M.; Henderson, B. S.; Gillig, J. R.; Schwab, J. M.; Smith, J. L. Structure 1996, 4, 253. [75] Moynie, L.; Hope, A. G.; Finzel, K.; Schmidberger, J.; Leckie, S. M.; Schneider, G.; Burkart, M. D.; Smith, A. D.; Gray, D. W.; Naismith, J. H. J. Mol. Biol. 2016, 428, 108. [76] Kim, H. T.; Kim, S.; Na, B. K.; Chung, J.; Hwang, E.; Hwang, K. Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2017, 493, 28. [77] Rafi, S.; Novichenok, P.; Kolappan, S.; Stratton, C. F.; Rawat, R.; Kisker, C.; Simmerling, C.; Tonge, P. J. J. Biol. Chem. 2006, 281, 39285. [78] Kim, K. H.; Ha, B. H.; Kim, S. J.; Hong, S. K.; Hwang, K. Y.; Kim, E. E. J. Mol. Biol. 2011, 406, 403. [79] Neckles, C.; Pschibul, A.; Lai, C. T.; Hirschbeck, M.; Kuper, J.; Davoodi, S.; Zou, J.; Liu, N.; Pan, P.; Shah, S.; Daryaee, F.; Bommineni, G. R.; Lai, C.; Simmerling, C.; Kisker, C.; Tonge, P. J. Biochemistry 2016, 55, 2992. [80] Li, H.; Zhang, X.; Bi, L.; He, J.; Jiang, T. PLoS One 2011, 6, e26743. [81] Kim, S. H.; Khan, R.; Choi, K.; Lee, S. W.; Rhee, S. FEBS J. 2020, 281, 4710. [82] Saito, J.; Yamada, M.; Watanabe, T.; Iida, M.; Kitagawa, H.; Takahata, S.; Ozawa, T.; Takeuchi, Y.; Ohsawa, F. Protein Sci. 2008, 17, 691. [83] Qiu, X.; Abdel-Meguid, S. S.; Janson, C. A.; Court, R. I.; Smyth, M. G.; Payne, D. J. Protein Sci. 1999, 8, 2529. [84] Miller, W. H.; Seefeld, M. A.; Newlander, K. A.; Uzinskas, I. N.; Burgess, W. J.; Heerding, D. A.; Yuan, C. C. K.; Head, M. S.; Payne, D. J.; Rittenhouse, S. F.; Moore, T. D.; Pearson, S. C.; Berry, V.; DeWolf, W. E.; Keller, P. M.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Janson, C. A.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 2002, 45, 3246. [85] Seefeld, M. A.; Miller, W. H.; Newlander, K. A.; Burgess, W. J.; DeWolf, W. E.; Elkins, P. A.; Head, M. S.; Jakas, D. R.; Janson, C. A.; Keller, P. M.; Manley, P. J.; Moore, T. D.; Payne, D. J.; Pearson, S.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Rittenhouse, S. F.; Uzinskas, I. N.; Wallis, N. G.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 2003, 46, 1627. [86] Heerding, D. A.; Chan, G.; DeWolf, W. E.; Fosberry, A. P.; Janson, C. A.; Jaworski, D. D.; McManus, E.; Miller, W. H.; Moore, T. D.; Payne, D. J.; Qiu, X.; Rittenhouse, S. F.; Slater-Radosti, C.; Smith, W.; Takata, D. T.; Vaidya, K. S.; Yuan, C. C. K.; Huffman, W. F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2061. [87] Seefeld, M. A.; Miller, W. H.; Newlander, K. A.; Burgess, W. J.; Payne, D. J.; Rittenhouse, S. F.; Moore, T. D.; DeWolf, W. E.; Keller, P. M.; Qiu, X.; Janson, C. A.; Vaidya, K.; Fosberry, A. P.; Smyth, M. G.; Jaworski, D. D.; Slater-Radosti, C.; Huffman, W. F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2241. [88] Ramnauth, J.; Surman, M. D.; Sampson, P. B.; Forrest, B.; Wilson, J.; Freeman, E.; Manning, D. D.; Martin, F.; Toro, A.; Domagala, M.; Awrey, D. E.; Bardouniotis, E.; Kaplan, N.; Berman, J.; Pauls, H. W. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 5359. [89] Sampson, P. B.; Picard, C.; Handerson, S.; McGrath, T. E.; Domagala, M.; Leeson, A.; Romanov, V.; Awrey, D. E.; Thambipillai, D.; Bardouniotis, E.; Kaplan, N.; Berman, J. M.; Pauls, H. W. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 5355. [90] Fage, C. D.; Lathouwers, T.; Vanmeert, M.; Gao, L. J.; Vrancken, K.; Lammens, E. M.; Weir, A. N. M.; Degroote, R.; Cuppens, H.; Kosol, S.; Simpson, T. J.; Crump, M. P.; Willis, C. L.; Herdewijn, P.; Lescrinier, E.; Lavigne, R.; Anne, J.; Masschelein, J. Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 10549. [91] Karlowsky, J. A.; Laing, N. M.; Baudry, T.; Kaplan, N.; Vaughan, D.; Hoban, D. J.; Zhanel, G. G. Antimicrob. Agents Chemother. 2007, 51, 1580. [92] Hafkin, B.; Kaplan, N.; Murphy, B. Antimicrob. Agents Chemother. 2015, 60, 1695. [93] Parker, E. N.; Drown, B. S.; Geddes, E. J.; Lee, H. Y.; Ismail, N.; Lau, G. W.; Hergenrother, P. J. Nat. Microbiol. 2020, 5, 67. [94] Ozawa, T.; Kitagawa, H.; Yamamoto, Y.; Takahata, S.; Iida, M.; Osaki, Y.; Yamada, K. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 15, 7325. [95] Jones, J. A.; Prior, A. M.; Marreddy, R. K. R.; Wahrmund, R. D.; Hurdle, J. G.; Sun, D.; Hevener, K. E. ACS Chem. Biol. 2019, 14, 1528. [96] Yu, Y. H.; Ma, J. R.; Wang, H. H. J. Microbiol. 2016, 4, 76(in Chinese). (余永红, 马建荣, 王海洪, 微生物学杂志, 2016, 4, 76.) |