表观遗传修饰——5-羟甲基胞嘧啶检测的研究进展
 |
李琛琛, 2020年于山东师范大学获得分析化学博士学位, 现为青岛科技大学化学与分子工程学院副教授. 研究方向为生化分析和单分子检测. |
 |
陈慧燕, 山东师范大学化学化工与材料科学学院2018级硕士研究生, 研究方向为生物分析化学和单分子检测技术. |
 |
董月红, 山东师范大学化学化工与材料科学学院2018级硕士研究生, 主要研究方向为生化分析和化学发光检测. |
 |
罗细亮, 教授, 博士生导师, 国家优秀青年基金获得者, 山东省泰山学者特聘教授. 2005年于南京大学获得分析化学博士学位, 随后在爱尔兰都柏林城市大学、美国亚利桑那州立大学和匹兹堡大学从事博士后研究. 先后获批为欧盟玛丽居里学者、匹兹堡大学研究助理教授. 2011年加入青岛科技大学, 现任化学与分子工程学院院长、光电传感与生命分析教育部重点实验室主任. 主要研究方向为生化分析、光电传感和纳米生物复合材料. |
 |
胡娟, 上岗研究员, 硕士生导师. 2019年在山东师范大学获博士学位. 2009~2020年先后在中国科学院深圳先进技术研究院和山东师范大学工作, 现在东南大学化学化工学院工作. 主要研究方向为生物传感和单分子检测. |
 |
张春阳, 教授, 博士生导师, 中国科学院“百人计划”入选者, 国家杰出青年科学基金获得者, 国家“万人计划”科技创新领军人才, 国务院政府特殊津贴专家. 1999年在北京大学获博士学位, 随后在清华大学完成博士后研究. 2001年赴美, 先后在埃默里大学、约翰霍普金斯大学和纽约城市大学工作. 2009年回国加入中国科学院深圳先进技术研究院, 现为山东师范大学化学化工与材料科学学院院长. 主要研究方向为生化分析、生物纳米技术、单分子检测与成像. |
收稿日期: 2020-12-10
网络出版日期: 2021-01-25
基金资助
项目受国家自然科学基金(21735003); 项目受国家自然科学基金(21527811); 山东省泰山学者建设工程(ts20110829); 山东省泰山学者优势特色学科领军人才资助
Advances in Detection of Epigenetic Modification—5-Hydroxymethylcytosine
Received date: 2020-12-10
Online published: 2021-01-25
Supported by
National Natural Science Foundation of China(21735003); National Natural Science Foundation of China(21527811); Taishan Scholar Program of Shandong Province of China(ts20110829); Award for Team Leader Program of Taishan Scholars of Shandong Province, China
表观遗传修饰是指在不改变DNA序列的情况下, 基因表达发生的可遗传变化. 5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC)是继5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)后发现的表观遗传修饰, 被称为“第六种碱基”. 5hmC广泛分布于哺乳动物的组织和细胞中, 它的异常表达与肿瘤发生、发育性疾病和神经系统疾病密切相关. 由于5hmC的结构与5mC相似, 并且其丰度远远低于5mC, 传统方法难以实现对5hmC的准确和灵敏检测. 近年来, 科学家们结合新的修饰方法和信号放大策略, 发展了一系列超灵敏检测5hmC的新方法, 包括液相色谱串联质谱法、荧光法、电化学法、光电化学法、单碱基分辨率的测序法和单分子检测技术. 这些方法各自具有其独特优势, 有力推动了表观遗传学的发展. 本综述总结了5hmC检测方法的最新研究进展, 并对其面临的挑战和发展趋势做了展望.
李琛琛 , 陈慧燕 , 董月红 , 罗细亮 , 胡娟 , 张春阳 . 表观遗传修饰——5-羟甲基胞嘧啶检测的研究进展[J]. 化学学报, 2021 , 79(5) : 614 -627 . DOI: 10.6023/A20120564
Epigenetic inheritance is a heritable change in gene function independent of alterations in nucleotide sequence. 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC), which is called “the sixth base”, is an epigenetic modification discovered after 5-methylcytosine (5mC). 5hmC is widely distributed in mammalian tissues and cells, and its abnormality is closely related to tumorigenesis, developmental diseases, and nervous system diseases. Because the structure of 5hmC is similar to that of 5mC and its abundance is much lower than that of 5mC, it is much difficult to accurately detect 5hmC by using the traditional methods. Recently, scientists have developed a series of new methods for the detection of 5hmC, including liquid chromatography tandem mass spectrometry, fluorescent method, electrochemical method, photoelectrochemical method, single base-resolution sequencing, and single-molecule detection technology. These emerging technologies have their own unique advantages and greatly promote the advance of epigenetic research. The recent advance in the detection of 5hmC is reviewed in this paper, and the challenge and trends of this area is highlighted as well.
Key words： epigenetics; 5-hydroxymethylcytosine; detection method
| [1] | Wolffe, A. P.; Matzke, M. A. Science 1999, 286,481. |
| [2] | Jaenisch, R.; Bird, A. Nat. Genet. 2003, 33,245. |
| [3] | Prins, G. S.; Ye, S. H.; Birch, L.; Zhang, X.; Cheong, A.; Lin, H.; Calderon-Gierszal, E.; Groen, J.; Hu, W. Y.; Ho, S. M.; van Breemen, R. B. Environ. Health Perspect. 2017, 125,077007. |
| [4] | Portela, A.; Esteller, M. Nat. Biotechnol. 2010, 28,1057. |
| [5] | Tahara, T.; Tahara, S.; Horiguchi, N.; Kawamura, T.; Okubo, M.; Yamada, H.; Yoshida, D.; Ohmori, T.; Maeda, K.; Komura, N.; Ikuno, H.; Jodai, Y.; Kamano, T.; Nagasaka, M.; Nakagawa, Y.; Tsukamoto, T.; Urano, M.; Shibata, T.; Kuroda, M.; Ohmiya, N. Clin. Exp. Med. 2018, 18,215. |
| [6] | Moruzzi, S.; Guarini, P.; Udali, S.; Ruzzenente, A.; Guglielmi, A.; Conci, S.; Pattini, P.; Martinelli, N.; Olivieri, O.; Tammen, S. A.; Choi, S. W.; Friso, S. PLoS One 2017, 12,e0185792. |
| [7] | Iwata, A.; Nagata, K.; Hatsuta, H.; Takuma, H.; Bundo, M.; Iwamoto, K.; Tamaoka, A.; Murayama, S.; Saido, T.; Tsuji, S. Hum. Mol. Genet. 2014, 23,648. |
| [8] | Lee, J.; Hagerty, S.; Cormier, K. A.; Kim, J.; Kung, A. L.; Ferrante, R. J.; Ryu, H. Hum. Mol. Genet. 2008, 17,1774. |
| [9] | Begum, G.; Davies, A.; Stevens, A.; Oliver, M.; Jaquiery, A.; Challis, J.; Harding, J.; Bloomfield, F.; White, A. Endocrinology 2013, 154,4560. |
| [10] | Baserga, M.; Kaur, R.; Hale, M. A.; Bares, A.; Yu, X.; Callaway, C. W.; McKnight, R. A.; Lane, R. H. Am. J. Physiol. Regul. Integr. Comp. Physiol. 2010,299,R334. |
| [11] | Baserga, M.; Hale, M. A.; Wang, Z. M.; Yu, X.; Callaway, C. W.; McKnight, R. A.; Lane, R. H. Am. J. Physiol-Reg I. 2007, 292,R1943. |
| [12] | Masuyama, H.; Hiramatsu, Y. Endocrinology 2012, 153,2823. |
| [13] | Li, D.; Tian, Y. J.; Guo, J.; Sun, W. P.; Lun, Y. Z.; Guo, M.; Luo, N.; Cao, Y.; Cao, J. M.; Gong, X. J.; Zhou, S. S. Br. J. Nutr. 2013, 110,2156. |
| [14] | Zhao, C.; Wang, H. L. Acta Chim. Sinica 2013, 71,26. (in Chinese). |
| [14] | ( 赵超, 汪海林, 化学学报, 2013, 71,26.) |
| [15] | Cheng, X.; Roberts, R. J. Nucleic Acids Res. 2001, 29,3784. |
| [16] | Smith, Z. D.; Meissner, A. Nat. Rev. Genet. 2013, 14,204. |
| [17] | Wood, R. J.; McKelvie, J. C.; Maynard-Smith, M. D.; Roach, P. L. Nucleic Acids Res. 2010, 38,e107. |
| [18] | Xu, H.; Jia, P.; Zhao, Z. Brief Bioinform. 2020,doi: 10.1093/bib/bbaa099. |
| [19] | Xiao, C. L.; Zhu, S.; He, M. H.; Chen, D.; Zhang, Q.; Chen, Y.; Yu, G. L.; Liu, J. B.; Xie, S. Q.; Luo, F.; Liang, Z.; Wang, D. P.; Bo, X. C.; Gu, X. F.; Wang, K.; Yan, G. R. Mol. Cell 2018, 71,306. |
| [20] | Stains, C. I.; Furman, J. L.; Segal, D. J.; Ghosh, I. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128,9761. |
| [21] | Costello, J. F.; Fruhwald, M. C.; Smiraglia, D. J.; Rush, L. J.; Robertson, G. P.; Gao, X.; Wright, F. A.; Feramisco, J. D.; Peltomaki, P.; Lang, J. C.; Schuller, D. E.; Yu, L.; Bloomfield, C. D.; Caligiuri, M. A.; Yates, A.; Nishikawa, R.; Huang, H. J. S.; Petrelli, N. J.; Zhang, X. L.; O'Dorisio, M. S.; Held, W. A.; Cavenee, W. K.; Plass, C. Nat. Genet. 2000, 24,132. |
| [22] | Bernstein, B. E.; Meissner, A.; Lander, E. S. Cell 2007, 128,669. |
| [23] | Zhang, Q.; Wu, Y.; Xu, Q.; Ma, F.; Zhang, C. Y. Biosens. Bioelectron. 2021, 171,112712. |
| [24] | Song, C. X.; Szulwach, K. E.; Fu, Y.; Dai, Q.; Yi, C.; Li, X.; Li, Y.; Chen, C. H.; Zhang, W.; Jian, X.; Wang, J.; Zhang, L.; Looney, T. J.; Zhang, B.; Godley, L. A.; Hicks, L. M.; Lahn, B. T.; Jin, P.; He, C. Nat. Biotechnol. 2011, 29,68. |
| [25] | Scarano, M. I.; Strazzullo, M.; Matarazzo, M. R.; D'Esposito, M. J. Cell. Physiol. 2005, 204,21. |
| [26] | Robertson, K. D. Nat. Rev. Genet. 2005, 6,597. |
| [27] | Iwan, K.; Rahimoff, R.; Kirchner, A.; Spada, F.; Schroder, A. S.; Kosmatchev, O.; Ferizaj, S.; Steinbacher, J.; Parsa, E.; Muller, M.; Carell, T. Nat. Chem. Biol. 2018, 14,72. |
| [28] | Wu, S. C.; Zhang, Y. Nat. Rev. Mol. Cell Bio. 2010, 11,607. |
| [29] | Huang, W.; Lan, M. D.; Qi, C. B.; Zheng, S. J.; Wei, S. Z.; Yuan, B. F.; Feng, Y. Q. Chem. Sci. 2016, 7,5495. |
| [30] | Crawford, D. J.; Liu, M. Y.; Nabel, C. S.; Cao, X. J.; Garcia, B. A.; Kohli, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2016, 138,730. |
| [31] | Chen, S.; Dou, Y.; Zhao, Z.; Li, F.; Su, J.; Fan, C.; Song, S. Anal. Chem. 2016, 88,3476. |
| [32] | Zhang, L.; Yu, M.; He, C. Acta Chim. Sinica 2012, 70,2123. (in Chinese). |
| [32] | ( 张良, 于淼, 何川, 化学学报, 2012, 70,2123.) |
| [33] | Liutkeviciute, Z.; Kriukiene, E.; Licyte, J.; Rudyte, M.; Urbanaviciute, G.; Klimasauskas, S. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136,5884. |
| [34] | Kohli, R. M.; Zhang, Y. Nature 2013, 502,472. |
| [35] | Kagiwada, S.; Kurimoto, K.; Hirota, T.; Yamaji, M.; Saitou, M. EMBO J. 2013, 32,340. |
| [36] | Ginno, P. A.; Gaidatzis, D.; Feldmann, A.; Hoerner, L.; Imanci, D.; Burger, L.; Zilbermann, F.; Peters, A. H. F. M.; Edenhofer, F.; Smallwood, S. A.; Krebs, A. R.; Schubeler, D. Nat. Commun. 2020, 11,2680. |
| [37] | Shukla, A.; Sehgal, M.; Singh, T. R. Gene 2015, 564,109. |
| [38] | Munzel, M.; Globisch, D.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50,6460. |
| [39] | Tahiliani, M.; Koh, K. P.; Shen, Y.; Pastor, W. A.; Bandukwala, H.; Brudno, Y.; Agarwal, S.; Iyer, L. M.; Liu, D. R.; Aravind, L.; Rao, A. Science 2009, 324,930. |
| [40] | Kriaucionis, S.; Heintz, N. Science 2009, 324,929. |
| [41] | Mellen, M.; Ayata, P.; Dewell, S.; Kriaucionis, S.; Heintz, N. Cell 2012, 151,1417. |
| [42] | Szulwach, K. E.; Li, X.; Li, Y.; Song, C. X.; Han, J. W.; Kim, S.; Namburi, S.; Hermetz, K.; Kim, J. J.; Rudd, M. K.; Yoon, Y. S.; Ren, B.; He, C.; Jin, P. PLoS Genet. 2011, 7,e1002154. |
| [43] | Pfeifer, G. P.; Kadam, S.; Jin, S. G. Epigenetics Chromatin 2013, 6,10. |
| [44] | Jin, S. G.; Jiang, Y.; Qiu, R.; Rauch, T. A.; Wang, Y.; Schackert, G.; Krex, D.; Lu, Q.; Pfeifer, G. P. Cancer Res. 2011, 71,7360. |
| [45] | Kato, T.; Iwamoto, K. Neuropharmacology 2014, 80,133. |
| [46] | Wen, L.; Tang, F. Genomics 2014, 104,341. |
| [47] | Yang, Y.; Yang, G.; Chen, H.; Zhang, H.; Feng, J. J.; Cai, C. Analyst 2018, 143,2051. |
| [48] | Jin, S. G.; Kadam, S.; Pfeifer, G. P. Nucleic Acids Res. 2010, 38,e125. |
| [49] | Nestor, C.; Ruzov, A.; Meehan, R. R.; Dunican, D. S. Biotechniques 2010, 48,317. |
| [50] | Ito, S.; D'Alessio, A. C.; Taranova, O. V.; Hong, K.; Sowers, L. C.; Zhang, Y. Nature 2010, 466,1129. |
| [51] | Huang, Y.; Pastor, W. A.; Shen, Y. H.; Tahiliani, M.; Liu, D. R.; Rao, A. PLoS One 2010, 5,e8888. |
| [52] | Flusberg, B. A.; Webster, D. R.; Lee, J. H.; Travers, K. J.; Olivares, E. C.; Clark, T. A.; Korlach, J.; Turner, S. W. Nat. Methods 2010, 7,461. |
| [53] | Munzel, M.; Globisch, D.; Bruckl, T.; Wagner, M.; Welzmiller, V.; Michalakis, S.; Muller, M.; Biel, M.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49,5375. |
| [54] | Yin, R. C.; Mo, J. Z.; Lu, M. L.; Wang, H. L. Anal. Chem. 2015, 87,1846. |
| [55] | Krais, A. M.; Park, Y. J.; Plass, C.; Schmeiser, H. H. Epigenetics 2011, 6,560. |
| [56] | Hong, T.; Wang, T.; Guo, P.; Xing, X.; Ding, F.; Chen, Y.; Wu, J.; Ma, J.; Wu, F.; Zhou, X. Anal. Chem. 2013, 85,10797. |
| [57] | Pastor, W. A.; Pape, U. J.; Huang, Y.; Henderson, H. R.; Lister, R.; Ko, M.; McLoughlin, E. M.; Brudno, Y.; Mahapatra, S.; Kapranov, P.; Tahiliani, M.; Daley, G. Q.; Liu, X. S.; Ecker, J. R.; Milos, P. M.; Agarwal, S.; Rao, A. Nature 2011, 473,394. |
| [58] | Ko, M.; Huang, Y.; Jankowska, A. M.; Pape, U. J.; Tahiliani, M.; Bandukwala, H. S.; An, J.; Lamperti, E. D.; Koh, K. P.; Ganetzky, R.; Liu, X. S.; Aravind, L.; Agarwal, S.; Maciejewski, J. P.; Rao, A. Nature 2010, 468,839. |
| [59] | Nestor, C. E.; Ottaviano, R.; Reddington, J.; Sproul, D.; Reinhardt, D.; Dunican, D.; Katz, E.; Dixon, J. M.; Harrison, D. J.; Meehan, R. R. Genome Res. 2012, 22,467. |
| [60] | Voigt, P.; Tee, W. W.; Reinberg, D. Genes Dev. 2013, 27,1318. |
| [61] | Plongthongkum, N.; Diep, D. H.; Zhang, K. Nat. Rev. Genet. 2014, 15,647. |
| [62] | Tang, Y.; Chu, J. M.; Huang, W.; Xiong, J.; Xing, X. W.; Zhou, X.; Feng, Y. Q.; Yuan, B. F. Anal. Chem. 2013, 85,6129. |
| [63] | He, Y. F.; Li, B. Z.; Li, Z.; Liu, P.; Wang, Y.; Tang, Q.; Ding, J.; Jia, Y.; Chen, Z.; Li, L.; Sun, Y.; Li, X.; Dai, Q.; Song, C. X.; Zhang, K.; He, C.; Xu, G. L. Science 2011, 333,1303. |
| [64] | Le, T.; Kim, K. P.; Fan, G.; Faull, K. F. Anal. Biochem. 2011, 412,203. |
| [65] | Liu, S.; Wang, J.; Su, Y.; Guerrero, C.; Zeng, Y.; Mitra, D.; Brooks, P. J.; Fisher, D. E.; Song, H.; Wang, Y. Nucleic Acids Res. 2013, 41,6421. |
| [66] | Yuan, F.; Yu, Y.; Zhou, Y. L.; Zhang, X. X. Anal. Chem. 2020, 92,1605. |
| [67] | Shahal, T.; Koren, O.; Shefer, G.; Stern, N.; Ebenstein, Y. Anal. Chim. Acta 2018, 1038,87. |
| [68] | Wang, Z. Y.; Wang, M.; Zhang, Y.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2018, 54,8602. |
| [69] | Chen, H. Y.; Wei, J. R.; Pan, J. X.; Zhang, W.; Dang, F. Q.; Zhang, Z. Q.; Zhang, J. Biosens. Bioelectron. 2017, 91,328. |
| [70] | Cui, L.; Hu, J.; Wang, M.; Li, C. C.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2019, 91,1232. |
| [71] | Wang, H.; Liu, M. Z.; Bai, W. Q.; Sun, H. P.; Li, Y.; Deng, H. Q. Sens. Actuators B 2019, 284,236. |
| [72] | Ma, S.; Sun, H.; Li, Y.; Qi, H.; Zheng, J. Anal. Chem. 2016, 88,9934. |
| [73] | Zhou, Y. L.; Yin, H. S.; Sui, C. J.; Wang, Y.; Ai, S. Y. Chem. Eng. J. 2019, 357,94. |
| [74] | Sui, C.; Li, F.; Wu, H.; Yin, H.; Zhang, S.; Waterhouse, G. I. N.; Wang, J.; Zhu, L.; Ai, S. Biosens. Bioelectron. 2019, 142,111516. |
| [75] | Wang, Y.; Zhang, X.; Wu, F.; Chen, Z.; Zhou, X. Chem. Sci. 2019, 10,447. |
| [76] | Hu, L.; Liu, Y.; Han, S.; Yang, L.; Cui, X.; Gao, Y.; Dai, Q.; Lu, X.; Kou, X.; Zhao, Y.; Sheng, W.; Gao, S.; He, X.; He, C. J. Am. Chem. Soc. 2019, 141,8694. |
| [77] | Liu, Y.; Siejka-Zielinska, P.; Velikova, G.; Bi, Y.; Yuan, F.; Tomkova, M.; Bai, C.; Chen, L.; Schuster-Bockler, B.; Song, C. X. Nat. Biotechnol. 2019, 37,424. |
| [78] | Song, C. X.; Clark, T. A.; Lu, X. Y.; Kislyuk, A.; Dai, Q.; Turner, S. W.; He, C.; Korlach, J. Nat. Methods 2012, 9,75. |
| [79] | Gilat, N.; Tabachnik, T.; Shwartz, A.; Shahal, T.; Torchinsky, D.; Michaeli, Y.; Nifker, G.; Zirkin, S.; Ebenstein, Y. Clin. Epigenetics. 2017, 9,70. |
| [80] | Cui, L.; Chung, T. H.; Tan, D.; Sun, X.; Jia, X. Y. Genomics 2014, 104,368. |
| [81] | Hofer, A.; Liu, Z. J.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2019, 141,6420. |
| [82] | Lichtman, J. W.; Conchello, J. A. Nat. Methods 2005, 2,910. |
| [83] | Hall, T. Science 1961, 134,449. |
| [84] | Zhang, Z.; Yan, J.; Li, Z. Chem. Commun. 2020, 56,3111. |
| [85] | Shahal, T.; Gilat, N.; Michaeli, Y.; Redy-Keisar, O.; Shabat, D.; Ebenstein, Y. Anal. Chem. 2014, 86,8231. |
| [86] | Beyer, S.; Nickels, P.; Simmel, F. C. Nano Lett. 2005, 5,719. |
| [87] | Baner, J.; Nilsson, M.; Mendel-Hartvig, M.; Landegren, U. Nucleic Acids Res. 1998, 26,5073. |
| [88] | Zhang, Z. H.; Shan, X.; Zhang, P. B.; Liu, W. L.; Yan, J. L.; Li, Z. P. Org. Biomol. Chem. 2019, 17,9849. |
| [89] | Yin, H. S.; Yang, Z. Q.; Wang, H. Y.; Zhou, Y. L.; Ai, S. Y. Sens. Actuators B 2017, 243,602. |
| [90] | Tang, Z. W.; Huang, J.; He, H. L.; Ma, C. B.; Wang, K. M. Coord. Chem. Rev. 2020, 415,213317. |
| [91] | Povedano, E.; Montiel, V. R.; Valverde, A.; Navarro-Villoslada, F.; Yanez-Sedeno, P.; Pedrero, M.; Montero-Calle, A.; Barderas, R.; Pelaez-Garcia, A.; Mendiola, M.; Hardisson, D.; Feliu, J.; Camps, J.; Rodriguez-Tomas, E.; Joven, J.; Arenas, M.; Campuzano, S.; Pingarron, J. M. ACS Sens. 2019, 4,227. |
| [92] | Povedano, E.; Ruiz-Valdepenas Montiel, V.; Gamella, M.; Pedrero, M.; Barderas, R.; Pelaez-Garcia, A.; Mendiola, M.; Hardisson, D.; Feliu, J.; Yanez-Sedeno, P.; Campuzano, S.; Pingarron, J. M. Anal. Chem. 2020, 92,5604. |
| [93] | Liu, C. Y.; Bard, A. J. Nat. Mater. 2008, 7,505. |
| [94] | Li, L. L.; Chen, Y.; Zhu, J. J. Anal. Chem. 2017, 89,358. |
| [95] | Xu, S. J.; Liu, Y.; Wang, T. H.; Li, J. H. Anal. Chem. 2010, 82,9566. |
| [96] | Tang, X.; Zhao, D.; He, J.; Li, F.; Peng, J.; Zhang, M. Anal. Chem. 2013, 85,1711. |
| [97] | Sun, H.; Ma, S.; Li, Y.; Qi, H.; Ning, X.; Zheng, J. Biosens. Bioelectron. 2016, 79,92. |
| [98] | Sun, H.; Wang, H.; Bai, W.; Bao, L.; Lin, J.; Li, Y. Talanta 2019, 191,350. |
| [99] | Zhao, W. W.; Xu, J. J.; Chen, H. Y. Chem. Rev. 2014, 114,7421. |
| [100] | Zhao, W. W.; Xu, J. J.; Chen, H. Y. Trac-Trend Anal. Chem. 2016, 82,307. |
| [101] | Yang, Z. Q.; Shi, Y. H.; Liao, W. R.; Yin, H. S.; Ai, S. Y. Sens. Actuators B 2016, 223,621. |
| [102] | Wang, M.; Yin, H.; Zhou, Y.; Sui, C.; Wang, Y.; Meng, X.; Waterhouse, G. I. N.; Ai, S. Biosens. Bioelectron. 2019, 128,137. |
| [103] | Zang, Y.; Lei, J.; Hao, Q.; Ju, H. Biosens. Bioelectron. 2016, 77,557. |
| [104] | Tan, Y.; Li, M. S.; Ye, X. X.; Wang, Z. G.; Wang, Y. Y.; Li, C. Y. Sens. Actuators B 2018, 262,982. |
| [105] | Lan, F.; Liang, L.; Zhang, Y.; Li, L.; Ren, N.; Yan, M.; Ge, S.; Yu, J. ACS Appl. Mater. Interfaces 2017, 9,37839. |
| [106] | Okoth, O. K.; Yan, K.; Liu, Y.; Zhang, J. Biosens. Bioelectron. 2016, 86,636. |
| [107] | Li, L.; Wang, T.; Zhang, Y.; Xu, C.; Zhang, L.; Cheng, X.; Liu, H.; Chen, X.; Yu, J. ACS Appl. Mater. Interfaces 2018, 10,14594. |
| [108] | Sui, C.; Wang, T.; Zhou, Y.; Yin, H.; Meng, X.; Zhang, S.; Waterhouse, G. I. N.; Xu, Q.; Zhuge, Y.; Ai, S. Biosens. Bioelectron. 2019, 127,38. |
| [109] | Pastor, W. A.; Huang, Y.; Henderson, H. R.; Agarwal, S.; Rao, A. Nat. Protoc. 2012, 7,1909. |
| [110] | Huang, Y.; Pastor, W. A.; Zepeda-Martinez, J. A.; Rao, A. Nat. Protoc. 2012, 7,1897. |
| [111] | Tan, L.; Xiong, L.; Xu, W.; Wu, F.; Huang, N.; Xu, Y.; Kong, L.; Zheng, L.; Schwartz, L.; Shi, Y.; Shi, Y. G. Nucleic Acids Res. 2013, 41,e84. |
| [112] | Casanello, P.; Krause, B. J.; Castro-Rodriguez, J. A.; Uauy, R. Rev. Chil. Pediatr. 2016, 87,335. |
| [113] | Booth, M. J.; Marsico, G.; Bachman, M.; Beraldi, D.; Balasubramanian, S. Nat. Chem. 2014, 6,435. |
| [114] | Raiber, E. A.; Hardisty, R.; van Delft, P.; Balasubramanian, S. Nat. Rev. Chem. 2017, 1,0069. |
| [115] | Yu, M.; Hon, G. C.; Szulwach, K. E.; Song, C. X.; Zhang, L.; Kim, A.; Li, X.; Dai, Q.; Shen, Y.; Park, B.; Min, J. H.; Jin, P.; Ren, B.; He, C. Cell 2012, 149,1368. |
| [116] | Booth, M. J.; Branco, M. R.; Ficz, G.; Oxley, D.; Krueger, F.; Reik, W.; Balasubramanian, S. Science 2012, 336,934. |
| [117] | Tanaka, K.; Okamoto, A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17,1912. |
| [118] | Zeng, H.; He, B.; Xia, B.; Bai, D.; Lu, X.; Cai, J.; Chen, L.; Zhou, A.; Zhu, C.; Meng, H.; Gao, Y.; Guo, H.; He, C.; Dai, Q.; Yi, C. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140,13190. |
| [119] | Sun, Z.; Dai, N.; Borgaro, J. G.; Quimby, A.; Sun, D.; Correa, I. R. Jr.; Zheng, Y.; Zhu, Z.; Guan, S. Mol. Cell. 2015, 57,750. |
| [120] | Fang, K.; Zhang, K. X.; Wang, J.; Fu, Z. M.; Zhao, X. H. Yi Chuan 2016, 38,206. (in Chinese). |
| [120] | ( 方科, 张凯翔, 王建, 付志猛, 赵湘辉, 遗传, 2016, 38,206.) |
| [121] | Li, C. C.; Liu, W. X.; Hu, J.; Zhang, C. Y. Chem. Sci. 2019, 10,8675. |
| [122] | Ma, F.; Li, Y.; Tang, B.; Zhang, C. Y. Acc. Chem. Res. 2016, 49,1722. |
| [123] | Eid, J.; Fehr, A.; Gray, J.; Luong, K.; Lyle, J.; Otto, G.; Peluso, P.; Rank, D.; Baybayan, P.; Bettman, B.; Bibillo, A.; Bjornson, K.; Chaudhuri, B.; Christians, F.; Cicero, R.; Clark, S.; Dalal, R.; Dewinter, A.; Dixon, J.; Foquet, M.; Gaertner, A.; Hardenbol, P.; Heiner, C.; Hester, K.; Holden, D.; Kearns, G.; Kong, X.; Kuse, R.; Lacroix, Y.; Lin, S.; Lundquist, P.; Ma, C.; Marks, P.; Maxham, M.; Murphy, D.; Park, I.; Pham, T.; Phillips, M.; Roy, J.; Sebra, R.; Shen, G.; Sorenson, J.; Tomaney, A.; Travers, K.; Trulson, M.; Vieceli, J.; Wegener, J.; Wu, D.; Yang, A.; Zaccarin, D.; Zhao, P.; Zhong, F.; Korlach, J.; Turner, S. Science 2009, 323,133. |
| [124] | Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Branton, D.; Deamer, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996,93,13770. |
| [125] | Clarke, J.; Wu, H. C.; Jayasinghe, L.; Patel, A.; Reid, S.; Bayley, H. Nat. Nanotechnol. 2009, 4,265. |
| [126] | Cherf, G. M.; Lieberman, K. R.; Rashid, H.; Lam, C. E.; Karplus, K.; Akeson, M. Nat. Biotechnol. 2012, 30,344. |
| [127] | Manrao, E. A.; Derrington, I. M.; Laszlo, A. H.; Langford, K. W.; Hopper, M. K.; Gillgren, N.; Pavlenok, M.; Niederweis, M.; Gundlach, J. H. Nat. Biotechnol. 2012, 30,349. |
| [128] | Wendell, D.; Jing, P.; Geng, J.; Subramaniam, V.; Lee, T. J.; Montemagno, C.; Guo, P. Nat. Nanotechnol. 2009, 4,765. |
| [129] | Howorka, S.; Siwy, Z. Chem. Soc. Rev. 2009, 38,2360. |
| [130] | Venkatesan, B. M.; Bashir, R. Nat. Nanotechnol. 2011, 6,615. |
| [131] | Haque, F.; Li, J.; Wu, H. C.; Liang, X. J.; Guo, P. Nano Today 2013, 8,56. |
| [132] | Wanunu, M.; Cohen-Karni, D.; Johnson, R. R.; Fields, L.; Benner, J.; Peterman, N.; Zheng, Y.; Klein, M. L.; Drndic, M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133,486. |
| [133] | Li, W. W.; Gong, L. Z.; Bayley, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52,4350. |
| [134] | Zeng, T.; Liu, L.; Li, T.; Li, Y.; Gao, J.; Zhao, Y.; Wu, H. C. Chem. Sci. 2015, 6,5628. |
| [135] | Gabrieli, T.; Sharim, H.; Nifker, G.; Jeffet, J.; Shahal, T.; Arielly, R.; Levi-Sakin, M.; Hoch, L.; Arbib, N.; Michaeli, Y.; Ebenstein, Y. ACS Nano 2018, 12,7148. |
| [136] | Chen, F.; Xue, J.; Zhang, J.; Bai, M.; Yu, X.; Fan, C.; Zhao, Y. J. Am. Chem. Soc. 2020, 142,2889. |
| [137] | Song, C. X.; Diao, J.; Brunger, A. T.; Quake, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016,113,4338. |
| [138] | Szulwach, K. E.; Li, X.; Li, Y.; Song, C. X.; Wu, H.; Dai, Q.; Irier, H.; Upadhyay, A. K.; Gearing, M.; Levey, A. I.; Vasanthakumar, A.; Godley, L. A.; Chang, Q.; Cheng, X.; He, C.; Jin, P. Nat. Neurosci. 2011, 14,1607. |
| [139] | Li, C. C.; Dong, Y. H.; Zou, X.; Luo, X.; Shen, D.; Hu, J.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2021, 93,1939. |
| [140] | Walker, G. T.; Fraiser, M. S.; Schram, J. L.; Little, M. C.; Nadeau, J. G.; Malinowski, D. P. Nucleic Acids Res. 1992, 20,1691. |
| [141] | Ma, F.; Yang, Y.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2014, 86,6006. |
| [142] | Zhao, W.; Ali, M. M.; Brook, M. A.; Li, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47,6330. |
| [143] | Ma, F.; Liu, M.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2019, 55,8963. |
| [144] | Barany, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991,88,189. |
| [145] | Ma, F.; Liu, H.; Li, C. C.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2018, 54,12638. |
| [146] | Yin, B. C.; Liu, Y. Q.; Ye, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134,5064. |
| [147] | Ma, F.; Liu, W. J.; Zhang, Q.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2017, 53,10596. |
| [148] | Zhang, Y.; Li, C. C.; Tang, B.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2017, 89,7684. |
| [149] | Li, C. C.; Zhang, Y.; Tang, B.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2018, 54,5839. |
| [150] | Bi, S.; Yue, S.; Zhang, S. Chem. Soc. Rev. 2017, 46,4281. |
| [151] | Jiang, Y. S.; Li, B.; Milligan, J. N.; Bhadra, S.; Ellington, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135,7430. |
| [152] | Ma, F.; Wei, S. H.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2019, 91,7505. |
| [153] | Lu, X.; Song, C. X.; Szulwach, K.; Wang, Z.; Weidenbacher, P.; Jin, P.; He, C. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135,9315. |
| [154] | Xia, B.; Han, D. L.; Lu, X. Y.; Sun, Z. Z.; Zhou, A. K.; Yin, Q. Z.; Zeng, H.; Liu, M. H.; Jiang, X.; Xie, W.; He, C.; Yi, C. Q. Nat. Methods 2015, 12,1047. |
| [155] | Ma, F.; Liu, M.; Wang, Z. Y.; Zhang, C. Y. Chem. Commun. 2016, 52,1218. |
| [156] | Zhang, H. D.; Huang, X. D.; Liu, J. W.; Liu, B. H. Chem. Sci. 2020, 11,3812. |
| [157] | Miyata, K.; Naito, M.; Miyata, T.; Mokuda, S.; Asahara, H. Methods Mol. Biol. 2017, 1668,3. |
/
| 〈 |
|
〉 |
