活性天然产物靶标蛋白的鉴定

doi:10.6023/A17110484

化学学报 ›› 2018, Vol. 76 ›› Issue (3): 177-189.DOI: 10.6023/A17110484 上一篇下一篇

综述

活性天然产物靶标蛋白的鉴定

周怡青^a, 肖友利^a,b

a 中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所/分子植物科学卓越创新中心中国科学院合成生物学重点实验室上海 200032;
b 中国科学院大学北京 100039

投稿日期:2017-11-06 发布日期:2017-12-25
通讯作者: 肖友利 E-mail:ylxiao@sibs.ac.cn
作者简介:周怡青副研究员本科毕业于浙江大学生物工程系,2011年在香港大学获得博士学位,研究方向为有机化学,导师为杨丹教授.此后他在北京大学潘峥婴研究员实验室进行博士后研究,研究方向为药物化学和化学生物学;肖友利研究员2000年本科毕业于山东大学化学系,2005年在中国科学院上海有机化学研究所获得博士学位,研究方向为金属有机化学,导师为丁奎岭院士.2012年底于中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所开始独立研究工作,课题组主要利用化学生物学方法结合多组学的策略解析活性天然产物的生物合成途径和作用靶标.
基金资助:
项目受国家自然科学基金（Nos.21572243，21502206）和中国科学院先导B培育项目（No.XDPB0402）资助.

Target Identification of Bioactive Natural Products

Zhou Yiqing^a, Xiao Youli^a,b

a CAS Key Laboratory of Synthetic Biology, CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032;
b University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039

Received:2017-11-06 Published:2017-12-25
Contact: 10.6023/A17110484 E-mail:ylxiao@sibs.ac.cn
Supported by:
Project supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 21572243, 21502206) and Chinese Academy of Sciences (No. XDPB0402).

文章分享

摘要/Abstract

天然产物是创新药物的重要来源，确定活性天然产物的靶标蛋白和作用机制是新药开发的关键.在本篇综述中，对近二十年来在活性天然产物靶标鉴定领域出现的新技术和新方法进行简要的回顾和总结，通过实例重点介绍化学蛋白质组学和生物物理学方法在天然产物靶标蛋白鉴定方面的应用，讨论各种策略的优势和不足，并对其适用范围，应用前景和发展趋势作了前瞻性的展望.

关键词: 天然产物, 靶标鉴定, 化学蛋白质组学, 生物物理学, 表型筛选

Natural products are rich sources of drugs for the treatment of human diseases, while identification of the protein targets and mode of actions is one of the most significant and challenging steps in drug discovery across bioactive natural products. This review describes recent progresses in the methodology of target identification of natural products, highlights examples of target identification utilizing chemical proteomics and biophysical strategies, and discusses the advantages, limitations, applications, and challenges of each strategy.

Key words: natural products, target identification, chemical proteomics, biophysics, phenotype screening

引用此文

周怡青, 肖友利. 活性天然产物靶标蛋白的鉴定[J]. 化学学报, 2018, 76(3): 177-189.

Zhou Yiqing, Xiao Youli. Target Identification of Bioactive Natural Products[J]. Acta Chim. Sinica, 2018, 76(3): 177-189.

导出引用 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

分享此文

参考文献

[1] Koehn, F. E.; Carter, G. T. Nat. Rev. Drug Discov. 2005, 4, 206.
[2] Calson, E. E. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 639.
[3] Gao, Y.; Hu, J.; Ju, Y. Acta Chim. Sinica 2016, 74, 312(in Chinese). (高玉霞, 胡君, 巨勇, 化学学报, 2016, 74, 312.)
[4] Rodrigues, T.; Reker, D.; Schneider, P.; Schneider, G. Nat. Chem. 2016, 8, 531.
[5] Xu, Y.; Cheng, J. Chinese Sci. Bull. 2017, 62, 908(in Chinese). (徐悦, 程杰飞, 科学通报, 2017, 62, 908.)
[6] Schenone, M.; Dancik, V.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 232.
[7] Titov, D. V.; Liu, J. O. Bioorgan. Med. Chem. 2012, 20, 1902.
[8] Rix, U.; Superti-Furga, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616.
[9] Geoghegan, K. F.; Johnson, D. S. Annu. Rep. Med. Chem. 2010, 45, 345.
[10] Kawatani, M.; Osada, H. MedChemComm 2014, 5, 277.
[11] Wang, C.; Chen, N. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 657(in Chinese). (王初, 陈南, 化学学报, 2015, 73, 657.)
[12] Harding, M. W.; Galat, A.; Uehling, D. E.; Schreiber, S. L. Nature 1989, 341, 758.
[13] Taunton, J.; Hassig, C. A.; Schreiber, S. L. Science 1996, 272, 408.
[14] Sin, N.; Meng, L.; Wang, M. Q.; Wen, J. J.; Bornmann, W. G.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 6099.
[15] Griffith, E. C.; Su, Z.; Turk, B. E.; Chen, S.; Chang, Y. H.; Wu, Z.; Biemann, K.; Liu, J. O. Chem. Biol. 1997, 4, 461.
[16] Griffith, E. C.; Su, Z.; Niwayama, S.; Ramsay, C. A.; Chang, Y.; Liu, J. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 15183.
[17] Kudo, N.; Matsumori, N.; Taoka, H.; Fujiwara, D.; Scheriner, E. P.; Wolff, B.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9112.
[18] Low, W. K.; Dang, Y.; Schneider-Poetsch, T.; Shi, Z.; Choi, N. S.; Rzasa, R. M.; Shea, H. A.; Li, S.; Park, K.; Ma, G.; Romo, D.; Liu, J. O. Method. Enzymol. 2007, 431, 303.
[19] Yamaoka, M.; Sato, K.; Kobayashi, M.; Nishio, N.; Ohkubo, M.; Fujii, T.; Nakajima, H. J. Antibiot. 2005, 58, 654.
[20] Bargagna-Mohan, P.; Hamza, A.; Kim, Y. E.; Ho, Y. K. A.; Mor-Vaknin, N.; Wendschlag, N.; Liu, J.; Evans, R. M.; Mar-kovitz, D. M.; Zhan, C.; Kim, K. B.; Mohan, R. Chem. Biol. 2007, 14, 623.
[21] Ki, S. W.; Ishigami, K.; Kitahara, T.; Kasahara, K.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 39231.
[22] Dong, T.; Li, C.; Wang, X.; Dian, L.; Zhang, X.; Li, L.; Chen, S.; Cao, R.; Li, L.; Huang, N.; He, S.; Lei, X. Nat. Commun. 2015, 6, 6522.
[23] Margarucci, L.; Monti, M. C.; Cassiano, C.; Mozzicafreddo, M.; Angeletti, M.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A. Chem. Commun. 2013, 49, 5844.
[24] Cassiano, C.; Margarucci, L.; Exposito, R.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A.; Monti, M. C. Chem. Commun. 2014, 50, 6043.
[25] Klai?, L.; Morimoto, R. I.; Silverman, R. B. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 928.
[26] Li, J.; Casteels, T.; Frogne, T.; Ingvorsen, C.; Honore, C.; Courtney, M.; Huber, K. V. M.; Schminer, N.; Kimmel, R. A.; Ramanov, R. A.; Sturtzel, C.; Lardeau, C.; Klughammer, J.; Farlik, M.; Sdelci, S.; Vieira, A.; Avolio, F.; Briand, F.; Baburin, I.; Majek, P.; Pauler, F. M.; Penz, T.; Stukalov, A.; Gridling, M.; Parapatics, K.; Barbieux, C.; Berishvili, E.; Spittler, A.; Colinge, J.; Bennett, K.; Hering, S.; Sulpice, T.; Bock, C.; Distel, M.; Harkany, T.; Meyer, D.; Superti-Furga, G.; Collombat, R.; Hechsher-Sorensen, J.; Kubicek, S. Cell 2017, 168, 86.
[27] Kong, L. M.; Deng, X.; Zuo, Z. L.; Sun, H. D.; Zhao, Q. S.; Li, Y. Oncotarget 2014, 5, 11354.
[28] Liu, C.; Yin, Q.; Zhou, H.; Wu, Y.; Pu, J.; Xia, L.; Liu, W.; Huang, X.; Jiang, T.; Wu, M.; He, L.; Zhao, Y.; Wang, X.; Xiao, W.; Chen, H.; Zhao, Q.; Zhou, A.; Wang, L.; Sun, H.; Chen, G. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 486.
[29] Zhao, Q.; Ding, Y.; Deng, Z.; Lee, O. Y.; Gao, P.; Chen, P.; Rose, R. J.; Zhao, H.; Zhang, Z.; Tao, X.; Heck, A. J. R.; Kao, R.; Yang, D. Chem. Sci. 2015, 6, 4124.
[30] Li, D.; Li, C.; Li, L.; Chen, S.; Wang, L.; Li, Q.; Wang, X.; Lei, X.; Shen, Z. Cell Chem. Biol. 2016, 23, 257.
[31] Yi, C. M.; Yu, J.; Kim, H.; Lee, N. R.; Kim, S. W.; Lee, N. J.; Lee, J.; Seong, J.; Kim, N. J.; Inn, K. S. Chem. Commun. 2017, 53, 7045.
[32] Capolupo, A.; Esposito, R.; Zampella, A.; Festa, C.; Roccio, R.; Casapullo, A.; Tosco, A., Monti, M. C. J. Nat. Prod. 2017, 80, 909.
[33] Kanoh, N.; Kumashiro, S.; Simizu, S.; Kondoh, Y.; Hatakeyama, S.; Tashiro, H.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 115, 5742.
[34] Kanoh, N.; Honda, K.; Simizu, S.; Muroi, M.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 3559.
[35] Hirohama, M.; Kumar, A.; Fukuda, I.; Matsuoka, S.; Igarashi, Y.; Saitoh, H.; Takagi, M.; Shinya, K.; Honda, K.; Kondoh, Y.; Saito, T.; Nakao, Y.; Osada, H.; Zhang, K. Y. J.; Yoshida, M.; Ito, A. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 2635.
[36] Kolb, H. C.; Finn, M. G.; Sharpless, K. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 2004.
[37] Kalesh, K. A.; Clulow, J. A.; Tate, E. W. Chem. Commun. 2015, 51, 5497.
[38] Ciepla, P.; Konitsiotis, A. D.; Serwa, R. A.; Masumoto, N.; Leong, W. P.; Dallman, M. J.; Magee, A. I.; Tate, E. W. Chem. Sci. 2014, 5, 4249.
[39] Kreuzer, J.; Bach, N. C.; Forler, D.; Sieber, S. A. Chem. Sci. 2015, 6, 237.
[40] Batternberg, O. A.; Yang, Y.; Verhelst, S. H. L.; Sieber, S. A. Mol. BioSyst. 2013, 9, 343.
[41] Wang, J.; Zhang, J.; Zhang, C.; Wong, Y. K.; Lim, T. K.; Hua, Z.; Liu, B.; Tannenbaum, S. R.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Sci. Rep. 2016, 6, 22146.
[42] Wang, J.; Tan, X. F.; Nguyen, V. S.; Yang, P.; Zhou, J.; Gao, M.; Li, Z.; Lim, T. K.; He, Y.; Ong, C. S.; Lay, Y.; Zhang, J.; Zhu, G.; Lai, S.-L.; Ghosh, D.; Mok, Y. K.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, M113. 029793.
[43] Wang, J.; Zhang, C.; Chia, W.; Loh, C.; Li, Z.; Lee, Y.; He, Y.; Yuan, L.; Lim, T.; Liu, M.; Liew, C.; Lee, Y.; Zhang, J.; Lu, N.; Lim, C.; Hua, Z.; Liu, B.; Shen, H.-M.; Tan, S.; Lin, Q. Nat. Commun. 2015, 6, 10111.
[44] Ismail, H. M.; Barton, V.; Phanchana, M.; Charoensutthivarakul, S.; Wong, M. H. L.; Hemingway, J.; Biagini, G. A.; O'Neill, P. M.; Ward, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016, 113, 2080.
[45] Zhou, Y.; Li, W.; Xiao, Y. ACS Chem. Biol. 2016, 11, 882.
[46] Zhou, Y.; Li, W.; Zhang, X.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2016, 52, 14035.
[47] Li, J.; Cisar, J. S.; Zhou, C.-Y.; Vera, B.; Williams, H.; Rodrigurz, A. D.; Cravatt, B. F.; Romo, D. Nat. Chem. 2013, 5, 510.
[48] Nishino, M.; Choy, J. W.; Gushwa, N. N.; Oses-Prieto, J. A.; Koupparis, K.; Burlingame, A. L.; Renslo, A. R.; McKerrow, J. H.; Taunton, J. eLife 2013, 2, e00712.
[49] Zheng, B.; Zhu, S.; Wu, X. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 115.
[50] Yang, J.; Tallman, K. A.; Porter, N. A.; Liebler, D. C. Anal. Chem. 2015, 87, 2535.
[51] Wright, M. H.; Tao, Y.; Drechsel, J.; Krysiak, J.; Chamni, S.; Weigert-Munoz, A.; Harvey, N. L.; Romo, D.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, DOI:10. 1039/C7CC04990K.
[52] Yang, M.; Chen, P. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 783. (杨麦云, 陈鹏, 化学学报, 2015, 73, 783.)
[53] Smith, E.; Collins, I. Future Med. Chem. 2015, 7, 159.
[54] Park, J.; Koh, M.; Koo, J. Y.; Lee, S.; Park, S. B. ACS Chem. Biol. 2015, 11, 44.
[55] Kleiner, P.; Heydenreuter, W.; Stahl, M.; Korotkov, V. S.; Sieber, S. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 1396.
[56] Lamos, S. M.; Krusemark, C. J.; McGee, C. J.; Scalf, M.; Smith, L. M.; Belshaw, P. J. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4329.
[57] Eirich, J.; Orth, R; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12144.
[58] Shi, H.; Cheng, X.; Sze, S. K.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2011, 47, 11306.
[59] Hulce, J. J.; Cognetta, A. B.; Niphakis, M.; Tull, S. E.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2012, 10, 259
[60] Zhuang, S.; Li, Q.; Cai, L.; Wang, C.; Lei, X. ACS. Cent. Sci. 2017, 3, 501.
[61] Konziase, B. Anal. Biochem. 2015, 482, 25.
[62] Guo, H.; Xu, J.; Hao, P.; Ding, K.; Li, Z. Chem. Commun. 2017, 53, 9620.
[63] Lehmann, J.; Richers, J.; Pothig, A.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, 53, 107.
[64] Wang, D.; Cao, Y.; Zheng, L.; Lv, D.; Chen, L.; Xing, X.; Zhu, Z.; Li, X.; Chai, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 5020.
[65] Zhou, Y.; Di, Z.; Li, X.; Shan, Y.; Li, W.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 8671.
[66] Wright, M. H.; Fetzer, C.; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 6152.
[67] Tamura, T.; Tsukiji, S.; Hamachi, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2216.
[68] Hughes, C. C.; Yang, Y.; Liu, W.; Dorrestein, P. C.; La Clair, J. J.; Fenical, W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12094.
[69] Li, G.; Liu, Y.; Liu, Y.; Chen, L.; Wu, S.; Liu, Y.; Li, X. Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 9544.
[70] Park, J.; Oh, S.; Park, S. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 5447.
[71] Leriche, G.; Chisholm, L.; Wagner, A. Bioorg. Med. Chem. 2012, 20, 571.
[72] Li, W.; Zhou, Y.; Tang, G.; Xiao, Y. Bioconjugate Chem. 2016, 27, 2828.
[73] Barglow, K. T.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2007, 4, 822.
[74] Abegg, D.; Frei, R.; Cerato, L.; Prasad Hari, D.; Wang, C.; Waser, J.; Adibekian, A. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 10852.
[75] Wang, C.; Weerapana, E.; Blewett, M. M.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2014, 11, 79.
[76] Zhou, Y.; Li, W.; Wang, M.; Zhang, X.; Zhang, H.; Tong, X.; Xiao, Y. Mol. BioSyst. 2017, 13, 83.
[77] Grossman, E. A.; Ward, C. C.; Spradlin, J. N.; Bateman, L. A.; Huffman, T. R.; Miyamoto, D. K.; Kleinman, J. I.; Nomura, D. K. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1368.
[78] Tian, C.; Sun, R.; Liu, K.; Fu, L.; Liu, X.; Zhou, W.; Yang, Y.; Yang, J. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1416.
[79] Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376.
[80] Wiese, S.; Reidegeld, K. A.; Meyer, H. E.; Warscheid, B. Proteomics 2007, 7, 340.
[81] Thompson, A.; Schäfer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895.
[82] Wang, J.; Gao, L.; Lee, Y. M.; Kalesh, K. A.; Ong, Y. S.; Lim, J.; Jee, J.-E.; Sun, H.; Lee, S. S.; Hua, Z.-C.; Lin, Q. Pharmacol. Therapeut. 2016, 162, 10.
[83] Smith, G. P.; Petrenko, V. A. Chem. Rev. 1997, 97, 391.
[84] Jin, Y.; Yu, J.; Yu, Y. G. Chem. Biol. 2002, 9, 157.
[85] Takakusagi, Y.; Takakusagi, K.; Kuramochi, K.; Kobayashi, S.; Sugawara, F.; Sakaguchi, K. Bioorg. Med. Chem. 2007, 15, 7590.
[86] Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 55.
[87] Lomenick, B.; Hao, R.; Jonai, N.; Chin, R. M.; Aghajan, M.; Warburton, S.; Wang, J.; Wu, R. P.; Gomez, F.; Loo, J. A.; Wohlschlegel, J. A.; Vondriska, T. M.; Pelletier, J.; Herschman, H. R.; Clardy, J.; Clarke, C. F.; Huang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 21984.
[88] Chin, R. M.; Fu, X.; Pai, M. Y.; Vergnes, L.; Hwang, H.; Deng, G.; Diep, S.; Lomenick, B.; Meli, V. S.; Monsalve, G. C; Hu, E.; Whelan, S. A.; Wang, J. X.; Jung, G.; Solis, G. M.; Fazlollahi, F.; Kaweeteerawat, C.; Quach, A.; Nili, M.; Krall, A. S.; Godwin, H. A.; Chang, H. R.; Faull, K. F.; Guo, F.; Jiang, M.; Trauger, S. A.; Saghatelian, A.; Brass, D.; Christofk, H. R.; Clarke, C. F.; Teitell, M. A.; Petrascheck, M.; Reue, K.; Jung, M. E.; Frand, A. R.; Huang, J. Nature 2014, 510, 397.
[89] Fleta-Soriano, E.; Martinez, J. P.; Hinkelmann, B.; Gerth, K.; Washausen, P.; Diez, J.; Frank, R.; Sasse, F.; Meyerhans, A. Microb. Cell Fact. 2014, 13, 17.
[90] Hu, Y.-S. Ph. D. Dissertation, Second Military Medical University, Shanghai, 2013(in Chinese). (胡永胜, 博士论文, 第二军医大学, 上海, 2013.)
[91] Dal Piaz, F.; Vera Saltos, M. B.; Franceschelli, S.; Forte, G.; Marzocco, S.; Tuccinardi, T.; Poli, G.; Nejad Ebrahimi, S.; Hamburger, M.; De Tommasi, N.; Braca, A. J. Nat. Prod. 2016, 79, 2681.
[92] Molina, D. M.; Jafari, R.; Ignatushchenko, M.; Seki, T.; Larsson, E. A.; Dan, C.; Sreekumar, L.; Cao, Y.; Nordlund, P. Science 2013, 341, 84.
[93] Martinez, M. D.; Nordlund, P. Annu. Rev. Phamacol. 2016, 56, 141.
[94] Savitski, M. M.; Reinhard, F. B.; Franken, H.; Werner, T.; Savitski, M. F.; Eberhard, D.; Molina, D. M.; Jafari, R.; Dovega, R. B.; Klaeger, S.; Kuster, B. Science 2014, 346, 1255784.
[95] Reinhard, F. B.; Eberhard, D.; Werner, T.; Franken, H.; Childs, D.; Doce, C.; Savitski, M. F.; Huber, W.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M.; Drewes, G. Nat. Methods 2015, 12, 1129.
[96] Huber, K. V.; Olek, K. M.; Müller, A. C.; Tan, C. S. H.; Bennett, K. L.; Colinge, J.; Superti-Furga, G. Nat. Methods 2015, 12, 1055.
[97] Becher, I.; Werner, T.; Doce, C.; Zaal, E. A.; Tögel, I.; Khan, C. A.; Rueger, A.; Muelbaier, M.; Salzer, E.; Berkers, C. R.; Fitzpatrick, P. F.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 908.
[98] Franken, H.; Mathieson, T.; Childs, D.; Sweetman, G. M.; Werner, T.; Tögel, I.; Doce, C.; Gade, S.; Bantscheff, M.; Drewes, G.; Reinhard, F. B. Nat. Protoc. 2015, 10, 1567.
[99] Park, H.; Ha, J.; Koo, J. Y.; Park, J.; Park, S. B. Chem. Sci. 2017, 8, 1127.
[100] West, G. M.; Tucker, C. L.; Xu, T.; Park, S. K.; Han, X.; Yates, J. R.; Fitzgerald M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 9078.
[101] Chan, J. N.; Vuckovic, D.; Sleno, L.; Olsen, J. B.; Pogoutse, O.; Havugimana, P. C.; Hewel, J. A.; Bajaj, N.; Wang, Y.; Musteata, M. F.; Nislw, C.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111. 016642.
[102] Parsons, A. B.; Lopez, A.; Givoni, I. E.; Williams, D. E.; Gray, C. A.; Porter, J.; Chua, G.; Sopko, R.; Brost, R. L.; Ho, C. H.; Wang, J.; Ketela, T.; Brenner, C.; Brill, J. A.; Femandez, G. E.; Lorenz, T. C.; Payne, G. S.; Ishihara, S.; Ohya, Y.; Andrews, B.; Hughes, T. R.; Frey, B. J.; Graham, T. R.; Andersen, R. J.; Boone, C. Cell 2006, 126, 611.
[103] Ho, C. H.; Magtanong, L.; Barker, S. L.; Gresham, D.; Nishimura, S.; Natarajan, P.; Koh, J. L.; Porter, J.; Gray, C. A.; Andersen, R. J.; Giaever, G. Nat. Biotech. 2009, 27, 369.
[104] Luesch, H.; Wu, T. Y.; Ren, P.; Gray, N. S.; Schultz, P. G.; Supek, F. Chem. Biol. 2005, 12, 55.
[105] Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156.
[106] Lum, P. Y.; Armour, C. D.; Stepaniants, S. B.; Cavet, G.; Wolf, M. K.; Butler, J. S.; Hinshaw, J. C.; Garnier, P.; Prestwich, G. D.; Leonardson, A.; Garrett-Engele, P.; Leonardson, A. Cell 2004, 116, 121.
[107] Sopko, R.; Huang, D.; Preston, N.; Chua, G.; Papp, B.; Kafadar, K.; Snyder, M.; Oliver, S. G.; Cyert, M.; Hughes, T. R.; Boone, C.; Andrews, B. Mol. Cell 2006, 21, 319.
[108] Chen, X.; Ung, C. Y.; Chen, Y. Nat. Prod. Rep. 2003, 20, 432.
[109] Chen, X.; Ji, Z. L.; Chen, Y. Z. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 412.
[110] Gao, Z.; Li, H.; Zhang, H.; Liu, X.; Kang, L.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Wang, X.; Jiang, H. BMC Bioinformatics 2008, 9, 104.
[111] Chen, L.; Oughtred, R.; Berman, H. M.; Westbrook, J. Bioinformatics 2004, 20, 2860.
[112] Ji, Z. L.; Han, L. Y.; Yap, C. W.; Sun, L. Z.; Chen, X.; Chen, Y. Z. Drug Safety 2003, 26, 685.
[113] Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Cheng, D.; Shrivastava, S.; Tzur, D.; Gautam, B.; Hassanali, M. Nucleic Acids Res. 2007, 36, D901.
[114] Zhang, J. X.; Huang, W. J.; Zeng, J. H.; Huang, W. H.; Wang, Y.; Zhao, R.; Han, B. C.; Liu, Q. F.; Chen, Y. Z.; Ji, Z. L. Bioinformatics 2007, 23, 1710.
[115] Chen, Y. Z.; Ung, C. Y. Am. J. Chin. Med. 2002, 30, 139.
[116] Li, H.; Gao, Z.; Kang, L.; Zhang, H.; Yang, K.; Yu, K.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Shen, J.; Wang, X.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W219.
[117] Liu, X.; Ouyang, S.; Yu, B.; Liu, Y.; Huang, K.; Gong, J.; Zheng, S.; Li, Z.; Li, H.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, W609.
[118] Kinnings, S. L.; Jackson, R. M. J. Chem. Inf. Model. 2011, 28, 624.
[119] Wang, J. C.; Chu, P. Y.; Chen, C. M.; Lin, J. H. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W393.
[120] Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739.
[121] Park, K.; Cho, A. E. J. Ginseng. Res. 2017, 41, 534.
[122] Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156.
[123] Rees, M. G.; Seashore-Ludlow, B.; Cheah, J. H.; Adams, D. J.; Price, E. V.; Gill, S.; Javaid, S.; Coletti, M. E.; Jones, V. L.; Bodycombe, N. E.; Soule, C. K.; Alexander, B.; Li, A.; Montgomery, P.; Kotz, J. D.; Hon, C. S.; Munoz, B.; Liefeld, T.; Dancik, V.; Haber, D. A.; Clish, C. B.; Bittker, J. A.; Palmer, M.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A.; Shamji, A. F.; Schreiber, S. L. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 109.
[124] Yue, Q.; Feng, L.; Cao, B.; Liu, M.; Zhang, D.; Wu, W.; Jiang, B.; Yang, M.; Liu, X.; Guo, D. Mol. Cell. Proteomics 2016, 15, 26.
[125] Prieto, J. H.; Koncarevic, S.; Park, S. K.; Yates, J.; Becker, K. PLoS One 2008, 3, e4098.
[126] Kong, Q.; Tong, Q.; Lou, D.; Ding, J.; Zheng, B.; Chen, R.; Zhu, X.; Chen, X.; Dong, K.; Lu, S. Mol. BioSyst. 2015, 11, 1400.
[127] Hansen, J.; Palmfeldt, J.; Vang, S.; Corydon, T. J.; Gregersen, N.; Bross, P. PLoS One 2011, 6, e26634.
[128] Xu, Y.; Wang, Y.; Yan, L.; Liang, R. M.; Dai, B. D.; Tang, R. J.; Gao, P. H., Jiang, Y. Y. J. Proteome Res. 2009, 8, 5296.
[129] D'Aguanno, S.; D'Agnano, I.; De Canio, M.; Rossi, C.; Bernardini, S.; Federici, G.; Urbani, A. Mol. BioSyst. 2012, 8, 1068.
[130] Towbin, H.; Bair, K. W.; DeCaprio, J. A.; Eck, M. J.; Kim, S.; Kinder, F. R.; Morollo, A.; Mueller, D. R.; Schindler, P.; Song, H. K.; Van Oostrum, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52964.
[131] Futamura, Y.; Kawatani, M.; Kazami, S.; Tanaka, K.; Muroi, M.; Shimizu, T.; Tomita, K.; Watanabe, N.; Osada, H. Chem. Biol. 2012, 19, 1620.
[132] Futamura, Y.; Yamamoto, K; Osada, H. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2017, 81, 28.
[133] Shoemaker, R. H. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 813.
[134] Bai, R.; Paull, K. D.; Herald, C. L.; Malspeis, L.; Pettit, G. R.; Hamel, E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 15882.
[135] Kurita, K. L.; Glassey, E.; Linington, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 11999.
[136] Lu, Y.; Zhang, Y.; Li, L.; Feng, X.; Ding, S.; Zheng, W.; Li, J.; Shen, P. Chem. Biol. 2014, 21, 246.
[137] Leuenroth, S. J.; Okuhara, D.; Shotwell, J. D.; Markowitz, G. S.; Yu, Z.; Somlo, S.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 4389.
[138] Corson, T. W.; Cavga, H.; Aberle, N.; Crews, C. M. ChemBioChem 2001, 12, 1767.
[139] Vispé, S.; DeVries, L.; Créancier, L.; Besse, J.; Bréand, S.; Hobson, D. J.; Svejstrup, J. Q.; Annereau, J. P.; Cussac, D.; Dumontet, C.; Guilbaud, N. Mol. Cancer Therapeut. 2009, 8, 2780.
[140] Leuenroth, S. J.; Crews, C. M. Chem. Biol. 2005, 12, 1259.
[141] McCallum, C.; Kwon, S.; Leavitt, P.; Shen, D. M.; Liu, W.; Gurnett, A. Immunobiology 2007, 212, 549.
[142] Titov, D. V.; Gilman, B.; He, Q.-L.; Bhat, S.; Low, W. K.; Dang, Y.; Smeaton, M.; Demain, A. L.; Miller, P. S.; Kugel, J. F.; Goodrich, J. A.; Liu, J. O. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 182.
[143] He, Q. L.; Titov, D. V.; Li, J.; Tan, M.; Ye, Z.; Zhao, Y.; Romo, D.; Liu, J. O. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 1859.
[144] McClary, B.; Zinshteyn, B.; Meyer, M.; Jouanneau, M.; Pellegrino, S.; Yusupova, G.; Schuller, A.; Reyes, J. C. P.; Lu, J.; Guo, Z.; Ayinde, S.; Luo, C.; Dang, Y.; Romo, D.; Yusupov, M.; Green, R.; Liu, J. O. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 605.

活性天然产物靶标蛋白的鉴定

Target Identification of Bioactive Natural Products

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用此文

分享此文

参考文献

相关文章 13

编辑推荐

相关统计

本文评价

[1]	尚阳, 肖检, 王雅雯, 彭羽. 不对称构筑二芳基次甲基立体中心的研究进展[J]. 化学学报, 2021, 79(11): 1303-1319.
[2]	杨鲍潮, 高栓虎. 光促进的山道年重排反应在复杂萜类天然产物全合成中的应用[J]. 化学学报, 2018, 76(3): 161-167.
[3]	王初, 陈南. 基于活性的蛋白质组分析[J]. 化学学报, 2015, 73(7): 657-668.
[4]	谭芬, 肖文精. 可见光促进的氧化还原催化反应在天然产物全合成中的应用[J]. 化学学报, 2015, 73(2): 85-89.
[5]	于海昕, 万春云, 韩静, 李昂. 一种β-取代烯酮的α-溴代方法[J]. 化学学报, 2013, 71(11): 1488-1491.
[6]	彭金宝, 后小军, 张书宇, 涂永强. 8-epi-Liphagal的合成研究[J]. 化学学报, 2012, 70(21): 2232-2235.
[7]	潘成学, 关一富, 张洪彬. Brazilin类似物的合成[J]. 化学学报, 2012, 70(02): 183-189.
[8]	任小娟,韩满意,李瀛,谢志翔. 3β-羟基-24-降胆-5-烯-23-酸的合成[J]. 化学学报, 2009, 67(14): 1700-1704.
[9]	吴建忠,甄志彬,张奕华,伍贻康. 外消旋木榄醇甲的简捷合成[J]. 化学学报, 2008, 66(19): 2138-2140.
[10]	赵明洁,程翼宇,陈慰浙. 天然植物复杂化学模式特征的分步提取法[J]. 化学学报, 2001, 59(6): 842-846.
[11]	常俊标,陈荣峰,王强,刘澎,潘锡平,于德泉. 激子手性方法用于多氧取代环己烯类化合物的研究[J]. 化学学报, 2000, 58(5): 554-558.
[12]	刘志煜,李恒光,陈淑华. 用反Diels-Alder反应合成天然产物XIV. 立体控制合成(±)-环氧菌素和(±)- 4-表环氧菌素[J]. 化学学报, 1997, 55(6): 611-616.
[13]	赵玉芬,赵荣宝,吴毓林. 香芹酮的双重Michael反应和在天然产物手性合成中的应用[J]. 化学学报, 1994, 52(8): 823-830.