人工遗传改造生命体的防逃逸技术研究进展

doi:10.6023/cjoc201806018

有机化学 ›› 2018, Vol. 38 ›› Issue (9): 2231-2242.DOI: 10.6023/cjoc201806018 上一篇下一篇

所属专题：合成科学

综述与进展

人工遗传改造生命体的防逃逸技术研究进展

孟凡康^a,b, 娄春波^a,b

a 中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室国家微生物资源前期开发重点实验室中国科学院微生物研究所北京 100101;
b 中国科学院大学生命科学学院北京 100149

收稿日期:2018-06-13 修回日期:2018-08-08 发布日期:2018-08-22
通讯作者: 娄春波 E-mail:louchunbo@im.ac.cn
基金资助:
国家自然科学基金（Nos.31470818，31722002）和科技部（No.2015CB910300）资助项目.

Research Progress in Biocontainment of Genetically Modified Organisms

Meng Fankang^a,b, Lou Chunbo^a,b

a CAS Key Laboratory of Microbial Physiological and Metabolic Engineering, State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101;
b College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100149

Received:2018-06-13 Revised:2018-08-08 Published:2018-08-22
Contact: 10.6023/cjoc201806018 E-mail:louchunbo@im.ac.cn
Supported by:
Project supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 31470818, 31722002) and Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China (No. 2015CB910300).

文章分享

摘要/Abstract

随着合成生物学相关研究的快速发展，被各种遗传技术改良的生命系统在工业、农业、健康和环境等领域的应用正在快速增长.但这些人工遗传改造生命体的泄露或者非受控繁殖可能会对生态环境产生重大危害.为了解决这些人工生命体的环境逃逸和基因转移问题，已有研究关注如何将人工遗传改造的生命体限制于受控的环境中.从三方面简要介绍人工遗传改造生命体防逃逸技术的研究进展：包括（1）传统的防逃逸策略，（2）遗传中心法则的正交化设计策略，和（3）复杂基因网络调控策略.这些防逃逸技术的进一步发展和完善将有利于推动人工改造或全新设计的生命体更广泛的应用.

关键词: 合成生物学, 人工生命体, 生物安全, 正交化中心法则, 基因网络

With the rapid progress of synthetic biology and other related filed, there is a continuous growth of the applications of genetically modified organisms in many aspects, including industry, agriculture, health and environment. However, unintended release or uncontrolled propagation of these genetically modified organisms may cause significant side effects to the nature ecological environment. In order to eradicate the escaping problem and horizontal gene transfer between artificial and natural organisms, many researches have been focused on how to limit genetically modified organisms to a controlled environment. The research progress of biocontainment of genetically modified organisms mainly from three aspects of traditional biocontainment strategies, the orthogonalization of central dogma and the design of complex genetic networks is highlighted. It is believed that the advanced biocontainment technology would promote the further application of synthetic biology.

Key words: synthetic biology, genetically modified organisms, biosafety, orthogonal central dogma, genetic network

引用此文

孟凡康, 娄春波. 人工遗传改造生命体的防逃逸技术研究进展[J]. 有机化学, 2018, 38(9): 2231-2242.

Meng Fankang, Lou Chunbo. Research Progress in Biocontainment of Genetically Modified Organisms[J]. Chin. J. Org. Chem., 2018, 38(9): 2231-2242.

导出引用 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

分享此文

参考文献

[1] Zhang, H. M.; Lou, C. Sci. Soc. 2014, 4, 26(in Chinese). (张浩千, 娄春波, 科学与社会, 2014, 4, 26.)
[2] (a) Khalil, A. S.; Collins, J. J. Nat. Rev. Genet. 2010, 11, 367.
(b) Lee, J. W.; Na, D.; Park, J. M.; Lee, J.; Choi, S.; Lee, S. Y. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 536.
(c) Cameron, D. E.; Bashor, C. J.; Collins, J. J. Nat. Rev. Microbiol. 2014, 12, 381.
[3] Redford, K. H.; Adams, W.; Mace, G. M. PLoS Biol. 2013, 11, e1001530.
[4] Alphey, L.; Alphey, N. PLoS Pathog. 2014, 10, e1003909.
[5] (a) Carmichael, R. E.; Boyce, A.; Matthewman, C.; Patron, N. J. New Phytol. 2015, 208, 20.
(b) Patron, N. J.; Orzaez, D.; Marillonnet, S.; Warzecha, H.; Matthewman, C.; Youles, M.; Raitskin, O.; Leveau, A.; Farre, G.; Rogers, C.; Smith, A.; Hibberd, J.; Webb, A. A.; Locke, J.; Schornack, S.; Ajioka, J.; Baulcombe, D. C.; Zipfel, C.; Kamoun, S.; Jones, J. D.; Kuhn, H.; Robatzek, S.; Van Esse, H. P.; Sanders, D.; Oldroyd, G.; Martin, C.; Field, R.; O'Connor, S.; Fox, S.; Wulff, B.; Miller, B.; Breakspear, A.; Radhakrishnan, G.; Delaux, P. M.; Loque, D.; Granell, A.; Tissier, A.; Shih, P.; Brutnell, T. P.; Quick, W. P.; Rischer, H.; Fraser, P. D.; Aharoni, A.; Raines, C.; South, P. F.; Ane, J. M.; Hamberger, B. R.; Langdale, J.; Stougaard, J.; Bouwmeester, H.; Udvardi, M.; Murray, J. A.; Ntoukakis, V.; Schafer, P.; Denby, K.; Edwards, K. J.; Osbourn, A.; Haseloff, J. New Phytol. 2015, 208, 13.
[6] Zhang, Y.; Chen, J.; Cui, X.; Luo, D.; Xia, H.; Dai, J.; Zhu, Z.; Hu, W. Sci. Rep. 2015, 5, 7614.
[7] (a) Alphey, L. Annu. Rev. Entomol. 2014, 59, 205.
(b) Gantz, V. M.; Jasinskiene, N.; Tatarenkova, O.; Fazekas, A.; Macias, V. M.; Bier, E.; James, A. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, E6736.
(c) Harris, A. F.; Nimmo, D.; McKemey, A. R.; Kelly, N.; Scaife, S.; Donnelly, C. A.; Beech, C.; Petrie, W. D.; Alphey, L. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 1034.
(d) Hammond, A.; Galizi, R.; Kyrou, K.; Simoni, A.; Siniscalchi, C.; Katsanos, D.; Gribble, M.; Baker, D.; Marois, E.; Russell, S.; Burt, A.; Windbichler, N.; Crisanti, A.; Nolan, T. Nat. Biotechnol. 2016, 34, 78.
(e) Lacroix, R.; McKemey, A. R.; Raduan, N.; Kwee Wee, L.; Hong Ming, W.; Guat Ney, T.; Rahidah, A. A. S.; Salman, S.; Subramaniam, S.; Nordin, O.; Hanum, A. T. N.; Angamuthu, C.; Marlina Mansor, S.; Lees, R. S.; Naish, N.; Scaife, S.; Gray, P.; Labbe, G.; Beech, C.; Nimmo, D.; Alphey, L.; Vasan, S. S.; Han Lim, L.; Wasi, A. N.; Murad, S. PLoS One 2012, 7, e42771.
[8] (a) Rovner, A. J.; Haimovich, A. D.; Katz, S. R.; Li, Z.; Grome, M. W.; Gassaway, B. M.; Amiram, M.; Patel, J. R.; Gallagher, R. R.; Rinehart, J.; Isaacs, F. J. Nature 2015, 527.
(b) Mandell, D. J.; Lajoie, M. J.; Mee, M. T.; Takeuchi, R.; Kuznetsov, G.; Norville, J. E.; Gregg, C. J.; Stoddard, B. L.; Church, G. M. Nature 2015, 518, 55.
(c) Lajoie, M. J.; Rovner, A. J.; Goodman, D. B.; Aerni, H. R.; Haimovich, A. D.; Kuznetsov, G.; Mercer, J. A.; Wang, H. H.; Carr, P. A.; Mosberg, J. A.; Rohland, N.; Schultz, P. G.; Jacobson, J. M.; Rinehart, J.; Church, G. M.; Isaacs, F. J. Science 2013, 342, 357.
[9] (a) Marlière, P.; Patrouix, J.; Döring, V.; Herdewijn, P.; Tricot, S.; Cruveiller, S.; Bouzon, M.; Mutzel, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 7109.
(b) Pezo, V.; Liu, F. W.; Abramov, M.; Froeyen, M.; Herdewijn, P.; Marliere, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 8139.
(c) Malyshev, D. A.; Dhami, K.; Lavergne, T.; Chen, T.; Dai, N.; Foster, J. M.; Correa, I. R.; Romesberg, F. E. Nature 2014, 509, 385.
(d) Malyshev, D. A.; Dhami, K.; Lavergne, T.; Chen, T.; Dai, N.; Foster, J. M.; Correa, I. R., Jr.; Romesberg, F. E. Nature 2014, 509, 385.
[10] (a) de Lorenzo, V. In Handbook of Hydrocarbon and Lipid Microbiologyed, Springer, Berlin, Heidelberg, 2010, p. 2435.
(b) Solé, R. V.; Montañez, R.; Duran-Nebreda, S. Biology Direct 2015, 10, 37.
[11] Landrain, T.; Meyer, M.; Perez, A. M.; Sussan, R. Syst. Synth. Biol. 2013, 7, 115.
[12] Berg, P.; Baltimore, D.; Brenner, S.; Roblin, R. O.; Singer, M. F. Science 1975, 188, 991.
[13] Dana, G. V.; Kuiken, T.; Rejeski, D.; Snow, A. A. Nature 2012, 483, 29.
[14] Wilson, D. J. Acc. Res. 1993, 3, 177.
[15] (a) Wang, Z.; Xu, W.; Liu, L.; Zhu, T. F. Nat. Chem. 2016, 8, 698;
(b) Steidler, L.; Neirynck, S.; Huyghebaert, N.; Snoeck, V.; Ver-meire, A.; Goddeeris, B.; Cox, E.; Remon, J. P.; Remaut, E. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 785;
(c) Cohen, S. S.; Barner, H. D. J. Biol. Chem. 1957, 226, 631.
[16] Curtiss, R.; Inoue, M.; Pereira, D.; Hsu, J. C.; Alexander, L.; Rock, L. In Molecular of Cloning of Recombinant DNA, Elsevier, Amsterdam, Netherlands, 1977, p. 99.
[17] Steidler, L.; Neirynck, S.; Huyghebaert, N.; Snoeck, V.; Vermeire, A.; Goddeeris, B.; Cox, E.; Remon, J. P.; Remaut, E. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 785.
[18] Nguyen, L. V.; Cox, K. M.; Ke, J. S.; Peele, C. G.; Dickey, L. F. Transgenic Res. 2012, 21, 1071.
[19] Hirota, R.; Abe, K.; Katsuura, Z.; Noguchi, R.; Moribe, S.; Motomura, K.; Ishida, T.; Alexandrov, M.; Funabashi, H.; Ikeda, T.; Kuroda, A. Sci. Rep.-Uk 2017, 7.
[20] Molin, S.; Klemm, P.; Poulsen, L. K.; Biehl, H.; Gerdes, K.; Andersson, P. Bio-Technology 1987, 5, 1315.
[21] Contreras, A.; Molin, S.; Ramos, J. L. Appl. Environ. Microb. 1991, 57, 1504.
[22] Szafranski, P.; Mello, C. M.; Sano, T.; Smith, C. L.; Kaplan, D. L.; Cantor, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 1059.
[23] Ronchel, M. C.; Ramos, J. L. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 2649.
[24] Oliver, M. J.; Quisenberry, J. E.; Trolinder, N. L. G.; Keim, D. L. Google Patents 1998.
[25] Heuer, H.; Smalla, K. Environ. Biosaf. Res. 2007, 6, 3.
[26] Lyon, D. Y.; Monier, J. M.; Dupraz, S.; Freissinet, C.; Simonet, P.; Vogel, T. M. Astrobiology 2010, 10, 285.
[27] Torres, B.; Jaenecke, S.; Timmis, K. N.; Garcia, J. L.; Diaz, E. Environ. Microbiol. 2000, 2, 555.
[28] Caliando, B. J.; Voigt, C. A. Nat. Commun. 2015, 6.
[29] Wright, O.; Delmans, M.; Stan, G.-B.; Ellis, T. ACS Synth. Biol. 2014, 4, 307.
[30] Schmidt, M.; de Lorenzo, V. FEBS Lett. 2012, 586, 2199.
[31] Liu, C. C.; Schultz, P. G. Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 413.
[32] Wang, L.; Brock, A.; Herberich, B.; Schultz, P. G. Science 2001, 292, 498.
[33] Chin, J. W.; Cropp, T. A.; Anderson, J. C.; Mukherji, M.; Zhang, Z. W.; Schultz, P. G. Science 2003, 301, 964.
[34] Wang, H. H.; Isaacs, F. J.; Carr, P. A.; Sun, Z. Z.; Xu, G.; Forest, C. R.; Church, G. M. Nature 2009, 460, 894.
[35] Isaacs, F. J.; Carr, P. A.; Wang, H. H.; Lajoie, M. J.; Sterling, B.; Kraal, L.; Tolonen, A. C.; Gianoulis, T. A.; Goodman, D. B.; Reppas, N. B.; Emig, C. J.; Bang, D.; Hwang, S. J.; Jewett, M. C.; Jacobson, J. M.; Church, G. M. Science 2011, 333, 348.
[36] Ostrov, N.; Landon, M.; Guell, M.; Kuznetsov, G.; Teramoto, J.; Cervantes, N.; Zhou, M.; Singh, K.; Napolitano, M. G.; Moos-burner, M.; Shrock, E.; Pruitt, B. W.; Conway, N.; Goodman, D. B.; Gardner, C. L.; Tyree, G.; Gonzales, A.; Wanner, B. L.; Norville, J. E.; Lajoie, M. J.; Church, G. M. Science 2016, 353, 819.
[37] (a) Wang, K.; Schmied, W. H.; Chin, J. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 2288;
(b) Niu, W.; Schultz, P. G.; Guo, J. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 1640;
(c) Anderson, J. C.; Wu, N.; Santoro, S. W.; Lakshman, V.; King, D. S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 7566.
[38] Tack, D. S.; Ellefson, J. W.; Thyer, R.; Wang, B.; Gollihar, J.; Forster, M. T.; Ellington, A. D. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 138.
[39] Wang, N. X.; Li, Y.; Niu, W.; Sun, M.; Cerny, R.; Li, Q. S.; Guo, J. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 4867.
[40] Si, L. L.; Xu, H.; Zhou, X. Y.; Zhang, Z. W.; Tian, Z. Y.; Wang, Y.; Wu, Y. M.; Zhang, B.; Niu, Z. L.; Zhang, C. L.; Fu, G.; Xiao, S. L.; Xia, Q.; Zhang, L. H.; Zhou, D. M. Science 2016, 354, 1170.
[41] Kimoto, M.; Kawai, R.; Mitsui, T.; Yokoyama, S.; Hirao, I. Nucleic Acids Res. 2009, 37.
[42] Yang, Z. Y.; Hutter, D.; Sheng, P. P.; Sismour, A. M.; Benner, S. A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 6095.
[43] Yang, Z. Y.; Chen, F.; Alvarado, J. B.; Benner, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 15105.
[44] Kim, H. J.; Leal, N. A.; Hoshika, S.; Benner, S. A. J. Org. Chem. 2014, 79, 3194.
[45] Leconte, A. M.; Hwang, G. T.; Matsuda, S.; Capek, P.; Hari, Y.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2336.
[46] Seo, Y. J.; Hwang, G. T.; Ordoukhanian, P.; Romesberg, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14596.
[47] Malyshev, D. A.; Dhami, K.; Lavergne, T.; Chen, T. J.; Dai, N.; Foster, J. M.; Correa, I. R.; Romesberg, F. E. Nature 2014, 509, 385.
[48] Zhang, Y.; Ptacin, J. L.; Fischer, E. C.; Aerni, H. R.; Caffaro, C. E.; Jose, K. S.; Feldman, A. W.; Turner, C. R.; Romesberg, F. E. Nature 2017, 551, 644.
[49] Zhang, Y.; Lamb, B. M.; Feldman, A. W.; Zhou, A. X.; Lavergne, T.; Li, L.; Romesberg, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2017, 114, 1317.
[50] Lopez, G.; Anderson, J. C. ACS Synth. Biol. 2015, 4, 1279.
[51] Ravikumar, A.; Arrieta, A.; Liu, C. C. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 175.
[52] Basu, R. S.; Murakami, K. S., In Nucleic Acid Polymerasesed, Springer, Berlin, Heidelberg, 2014, p. 237.
[53] Rackham, O.; Chin, J. W. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 159.
[54] Chubiz, L. M.; Rao, C. V. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 4038.
[55] An, W.; Chin, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 8477.
[56] Orelle, C.; Carlson, E. D.; Szal, T.; Florin, T.; Jewett, M. C.; Mankin, A. S. Nature 2015, 524, 119.
[57] Jia, B.; Qi, H.; Li, B. Z.; Pan, S.; Liu, D.; Liu, H.; Cai, Y.; Yuan, Y. J. ACS Synth. Biol. 2017, 6, 2108.
[58] Wang, Z.; Xu, W.; Liu, L.; Zhu, T. F. Nat. Chem. 2016, 8, 698.
[59] Knudsen, S. M.; Karlstrom, O. H. Appl. Environ. Microb. 1991, 57, 85.
[60] Bej, A. K.; Perlin, M. H.; Atlas, R. M. Appl. Environ. Microbiol. 1988, 54, 2472.
[61] Chan, C. T.; Lee, J. W.; Cameron, D. E.; Bashor, C. J.; Collins, J. J. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 82.
[62] Gallagher, R. R.; Patel, J. R.; Interiano, A. L.; Rovner, A. J.; Isaacs, F. J. Nucl. Acids Res. 2015, 43, 1945.
[63] Cai, Y.; Agmon, N.; Choi, W. J.; Ubide, A.; Stracquadanio, G.; Caravelli, K.; Hao, H.; Bader, J. S.; Boeke, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 1803.
[64] Schmidt, M.; Pei, L. Toxicol. Sci. 2010, 120, S204.

人工遗传改造生命体的防逃逸技术研究进展

Research Progress in Biocontainment of Genetically Modified Organisms

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用此文

分享此文

参考文献

相关文章 3

编辑推荐

相关统计

本文评价

[1]	吴世文, 杨盟权, 肖友利. 单萜吲哚生物碱的合成生物学研究进展[J]. 有机化学, 2018, 38(9): 2243-2258.
[2]	王平平, 杨成帅, 李晓东, 蒋雨果, 严兴, 周志华. 植物天然化合物的人工合成之路[J]. 有机化学, 2018, 38(9): 2199-2214.
[3]	蒋媛媛, 李盛英. 细胞色素P450酶在生物合成及有机合成中的催化功能及其应用[J]. 有机化学, 2018, 38(9): 2307-2323.