化学学报 ›› 2011, Vol. 69 ›› Issue (24): 2939-2946.DOI: 10.6023/A1102282 上一篇 下一篇
研究论文
唐典勇1, 刘嵬2, 胡建平*,1, 孙国峰1, 张元勤1, 常珊3
Tang Dianyong1; Liu Wei2; Hu Jianping*,1; Sun Guofeng1; Zhang Yuanqin1; Chang Shan3
颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase, PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶, 能将烷烃生物催化为醇. 研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶, 进而有效地利用烷烃作为新能源. 用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式, 并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟, 最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析. 结果表明, 戊烷结合到靠近Zn2+的疏水口袋中, 该口袋由pmoA亚基的M45~W60和R190~T193以及pmoC亚基的Q161三个片段组成. 动力学结果表明, 与PMMO单体比, PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式, 但幅度更明显, 另外, 戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的. 结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力, 所有模拟结果与实验数据吻合较好.
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