CDK2-抑制剂结合自由能计算

化学学报 ›› 2004, Vol. 62 ›› Issue (18): 1751-1754. 上一篇下一篇

研究论文

CDK2-抑制剂结合自由能计算

蒋勇军, 曾敏, 周先波, 邹建卫, 俞庆森

浙江大学宁波理工学院分子设计与营养工程市重点实验室, 宁波, 315104

投稿日期:2004-03-23 修回日期:2004-06-29 发布日期:2014-02-17
通讯作者: 蒋勇军,E-mail:yjjiang@nit.net.cn E-mail:yjjiang@nit.net.cn
基金资助:
宁波市博士基金(Nos.2004A610010,2004A610018)资助项目.

Free Energy Analysis of CDK2-Inhibitor Interaction

JIANG Yong-Jun, ZENG Min, ZHOU Xian-Bo, ZOU Jian-Wei, YU Qing-Sen

Key Laboratory for Molecular Design and Nutrition Engineering, Ningbo Institute of Technology, Zhejiang University, Ningbo 315104

Received:2004-03-23 Revised:2004-06-29 Published:2014-02-17

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摘要/Abstract

细胞周期蛋白依赖性激酶Ⅱ(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)是一种重要的治疗癌症的靶标.本文中采用分子动力学取样,运用MM-PBSA/GBSA两种方法计算了CDK2-NU6102复合物的绝对结合自由能.通过能量分解的方法考察了CDK2大分子主要残基与配体NU6102之间的相互作用和识别.

关键词: 分子动力学, MM-PBSA/GBSA, 结合自由能, CDK2, 抑制剂

The cyclin-dependent kinases play important roles in regulation of the cell cycle. Their inhibitors have entered clinical trials to treat cancer. In the paper, the absolute binding free energy of cyclin-dependent kinase 2 with a potent purine-base inhibitor NU6102 was calculated by molecular dynamics simulation with MM-PBSA/GBSA methods, and reasonable results were obtained. Furthermore, the interaction between CDK2 and NU6102 was evaluated by energy decomposition analysis.

Key words: molecular dynamics, MM-PBSA/GBSA, binding free energy, CDK2, inhibitor

引用此文

蒋勇军, 曾敏, 周先波, 邹建卫, 俞庆森. CDK2-抑制剂结合自由能计算[J]. 化学学报, 2004, 62(18): 1751-1754.

JIANG Yong-Jun, ZENG Min, ZHOU Xian-Bo, ZOU Jian-Wei, YU Qing-Sen. Free Energy Analysis of CDK2-Inhibitor Interaction[J]. Acta Chimica Sinica, 2004, 62(18): 1751-1754.

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参考文献

[1] Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395.
[2] Aqvist, J.; Medina, C.; Samuelesson, J. E. Protein Eng.1994, 7, 385.
[3] Aqvist, J.; Luzhkov, V. B.; Brandsdal, B. O. Acc. Chem.Res. 2002, 35, 358.
[4] Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P.;Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401.
[5] Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo,S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.;Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.;Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
[6] Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C.; Kollman, P. Annu. Rev.Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
[7] Hunter, T.; Pines, J. Cell 1994, 79, 573.
[8] Sherr, C. Science 1996, 274, 1672.
[9] Lees, J. A.; Weinberg, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 422.
[10] Knockaert, M.; Greengard, P.; Meijer, L. Trends Pharmacol.Sci. 2002, 23, 417.
[11] Garrett, M. D.; Fattaey, A. Curr. Opin. Genet. Dev. 1999,9, 104.
[12] Sielecki, T. M.; Boylan, J. F.; Beneld, P. A.; Trainor, G.J. Med. Chem. 2000, 43, 1.
[13] Fischer, P. M.; Gianella-Borradori, A. Expert. Opin. Investig.Drugs. 2003, 12, 955.
[14] Meijer, L.; Raymond, E. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 417.
[15] Clough, J. Drug. Discovery Today 2002, 7, 789.
[16] Huwe, A.; Mazitschek, R.; Giannis, A. Angew. Chem., Irt.Ecl. 2003, 42, 2122.
[17] Toogood, P. L. Med. Res. Rev. 2001, 21, 487.
[18] Hardcastle, I. R.; Golding, B. T.; Griffin, R. J. Annu. Rev.Pharmacol. Toxicol. 2002, 42, 325.
[19] Davies, T. G.; Bentley, J.; Arris, C. E.; Boyle, F. T.;Curtin, N. J.; Endicott, J. A.; Gibson, A. E.; Golding, B.T.; Griffin, R. J.; Hardcastle, I. R.; Jewsbury, P.; Johnson,L. N.; Mesguiche, V.; Newell, D. R.; Noble, M.; Tucker,J. A.; Wang, L.; Whitfield, H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9,745.
[20] Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham,T. E.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.;Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.;Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R.; Duan, Y.;Pitera, J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.;Kollman, P. AMBER, Version 7, University of California, San Francisco, 2002.
[21] Cormell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.;Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.;Caldwell, J. W.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995,117, 5179.
[22] Sharp, K. A.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Chem. 1990,19, 301.
[23] Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994,98, 1978.
[24] Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T.J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
[25] Tsui, V.; Case, D. V. Biopolymers 2001, 56, 275.
[26] Kottalam, J.; Case, D. A. Biopolymers 1990, 29, 1409.
[27] Chong, L. T.; Duan, Y.; Wang, L.; Massova, I.; Kollman,P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 14330.
[28] Novotny, J.; Bruccoleri, R. E.; Davis, M.; Sharp, K. A. J.Mol. Biol. 1997, 268, 401.
[29] Sharp, K. A. Biophys. Chem. 1996, 61, 37.

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[1]	王海朋, 蔡文生, 邵学广. 抗冻剂抗冻机制的近红外光谱与分子模拟研究^★[J]. 化学学报, 2023, 81(9): 1167-1174.
[2]	秦沛, 马海, 张发光, 马军安. 含三氟甲基三氮嗪酪氨酸激酶抑制剂设计合成及生物活性研究^★[J]. 化学学报, 2023, 81(7): 697-702.
[3]	刘祯钰, 甘利华. 乙炔热解为富勒烯的分子动力学模拟研究[J]. 化学学报, 2023, 81(5): 502-510.
[4]	韩逸之, 蓝建慧, 刘学, 石伟群. 基于机器学习势函数的熔盐体系分子动力学研究进展[J]. 化学学报, 2023, 81(11): 1663-1672.
[5]	赵珂, 程夏宇, 马雪雪, 耿明慧. 含哌嗪基团锌离子探针的双光子吸收增强机理[J]. 化学学报, 2023, 81(10): 1371-1378.
[6]	杜英喆, 张恒, 苑世领. Al₂O₃/PDMS复合材料热传导的分子动力学模拟[J]. 化学学报, 2021, 79(6): 787-793.
[7]	刘长安, 洪士博, 李蓓. 石墨烯在甘油/尿素剥离液中的稳定行为的分子动力学模拟研究[J]. 化学学报, 2021, 79(4): 530-538.
[8]	付浩浩, 陈淏川, 张宏, 邵学广, 蔡文生. 基于几何约束的蛋白质-配体准确结合自由能计算[J]. 化学学报, 2021, 79(4): 472-480.
[9]	梁尊, 张鑫, 吕松泰, 梁洪涛, 杨洋. 单分子层受限冰-水共存界线毛细波与固-液相变动力学[J]. 化学学报, 2021, 79(1): 108-118.
[10]	范勤, 梁洪涛, 许贤祺, 吕松泰, 梁尊, 杨洋. 应用极化水分子模型研究单分子层受限水的介电性质[J]. 化学学报, 2020, 78(6): 547-556.
[11]	高斯萌, 夏坤, 康志红, 乃永宁, 袁瑞霞, 牛瑞霞. “拟双子”阴离子表面活性剂在癸烷/水界面的分子动力学模拟[J]. 化学学报, 2020, 78(2): 155-160.
[12]	周甲申, 张琳, 张良. Ⅱ型脂肪酸生物合成途径机制和药物发现研究进展[J]. 化学学报, 2020, 78(12): 1383-1398.
[13]	杨鹏里, 王振兴, 梁尊, 梁洪涛, 杨洋. 电场作用下水表面电势的分子动力学研究[J]. 化学学报, 2019, 77(10): 1045-1053.
[14]	杜涵, 梁洪涛, 杨洋. 限域单分子层冰-水两相平衡体系的分子动力学模拟[J]. 化学学报, 2018, 76(6): 483-490.
[15]	郭宇, 姚远, 李慧, 赫兰兰, 朱尊伟, 杨忠志, 宫利东, 刘翠, 赵东霞. 光合释氧机理的ABEEM/MM/MD和BS-DFT理论研究[J]. 化学学报, 2017, 75(9): 903-913.