化学学报 ›› 2009, Vol. 67 ›› Issue (9): 1019-1025. 上一篇 下一篇
研究论文
扈国栋 张少龙* 张庆刚
(山东师范大学物理与电子科学学院 济南 250014)
Hu, Guodong Zhang, Shaolong* Zhang, Qinggang
FKBP12 (FK506-binding protein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白. 采用分子动力学模拟取样, 运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046, 308和107)的绝对结合自由能, GPI-1046的结合能最小, 308小于107的结合能. 通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别, 计算结果表明: 3个抑制剂具有相似的结合模式, Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用, Tyr26, Phe46, Val55, Ile56, Trp59, Tyr82, Tyr87和Phe99形成疏水作用区. 计算结果和实验结果吻合.