基于酮醇酸还原异构酶KARI复合物晶体结构的三维数据库搜寻

有机化学 ›› 2004, Vol. 24 ›› Issue (8): 973-976. 上一篇下一篇

研究简报

基于酮醇酸还原异构酶KARI复合物晶体结构的三维数据库搜寻

王宝雷^a, 李正名^*,a, 马翼^a, 王建国^a, 罗小民^b, 左之利^b

^a南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津 300071
^b中国科学院上海药物研究所上海 200031

收稿日期:2003-07-17 修回日期:2004-01-16 接受日期:2004-03-12 发布日期:2022-09-20
通讯作者: * E-mail: nkzml@nk.sina.net
基金资助:
国家973计划(No. 2003CB114406)、天津市科委(No. 033803411)以及天津大学/南开大学联合研究项目“功能药物的分子工程研究”资助项目.

3D-Database Searching Based on the Crystal Structure of Ketol-acid Reductoisomerase (KARI) Complex

WANG Bao-Lei^a, LI Zheng-Ming^*,a, MA Yi^a, WANG Jian-Guo^a, LUO Xiao-Min^b, ZUO Zhi-Li^b

^aInstitue of Elemento-Organic Chemistry, National Laboratory of Elemento-Organic Chemistry, Nankai University, Tianjin 300071
^bShanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031

Received:2003-07-17 Revised:2004-01-16 Accepted:2004-03-12 Published:2022-09-20

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摘要/Abstract

以酮醇酸还原异构酶KARI复合物0.165 nm高分辨率晶体结构为基础,采用DOCK 4.0分子对接程序通过MDL/ACD三维数据库搜寻,找到了279个与KARI结合能较低的小分子,讨论了能量打分较高分子同靶酶的作用模式.这些分子作为潜在的KARI抑制剂为基于KARI的农药分子设计提供了有利指导.

关键词: KARI, 分子对接, 三维数据库

Based on the reported crystal structure of complexesof the enzyme ketol-acid reductoisomerase (KARI), 279 molecules were obtainedwith predicted high affinity for KARI from MDL/ACD 3D-database searching, usingprogram DOCK 4.0. The interaction pattern between some top-ranked molecules and KARI was described. These structures provide information for further design ofnew potential herbicidal molecules targeted at KARI.

Key words: KARI, DOCK, 3D-Database

引用此文

王宝雷, 李正名, 马翼, 王建国, 罗小民, 左之利. 基于酮醇酸还原异构酶KARI复合物晶体结构的三维数据库搜寻[J]. 有机化学, 2004, 24(8): 973-976.

WANG Bao-Lei, LI Zheng-Ming, MA Yi, WANG Jian-Guo, LUO Xiao-Min, ZUO Zhi-Li. 3D-Database Searching Based on the Crystal Structure of Ketol-acid Reductoisomerase (KARI) Complex[J]. Chinese Journal of Organic Chemistry, 2004, 24(8): 973-976.

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